加入了马来族的峇峇娘惹们失去了保留自己独特文化的可能，原本的痕迹被彻底抹除。但是这样的退让并没有让他们获取安然生活的保障。政治上被挤压的峇峇娘惹们，因为保留了中华民族重视教育的传统，和勤劳聪慧的品质，使得他们在经济上远远好于印度和马来当地人。从新加坡的经济上看，就能明白两者之间的差距了。
但是这显然令他们更加容易成为众矢之的。近代以来，马来西亚和印尼政局的混乱，导致任何一个上台的政府都会通过迫害峇峇娘惹来获取当地人的支持。多次严重的排华事件，就是因此而起。
在排华事件发生后，不少峇峇娘惹开始逃离南洋，虽然没有了来自异族人的打压，但是背井离乡的生活同样让这些人饱受了人间的苦难。
