在西方，无论是文学领域还是心理学界，都从未放弃过对人本质的研究，其中对人的意识、潜意识的研究更是占据重要的地位。
20世纪初期，奥地利精神病学家弗洛伊德创立了精神分析学派，并提出潜意识是人类整个精神活动的基础与实质。影片《十二猴子》中同样对潜意识的神秘进行了展现与探索。
詹姆斯穿越的1990、1996年的多处景象与2035年的许多场景构成一种对照关系，这些在詹姆斯看来是自身潜意识的停留，只是他没有办法推断两种经历的真假，科学家将他视为意志坚定的理想志愿者，但他却一步步深陷自己潜意识的混乱。
詹姆斯刚被带到精神病院时裹的那件透明雨衣与2035年他到地面采集标本时穿的防毒服装几乎一样；在精神病院里医护人员为詹姆斯消毒淋浴。
同样，在地下实验室有工作人员为他消毒淋浴的场景；詹姆斯在精神病院的墙上发现一只蜘蛛，并吞掉它，而在2035年，他奉命到地面找寻活体动物标本时，刚好也有一只蜘蛛。
在精神病院中，审查詹姆斯的医生与2035年给詹姆斯下达命令的科学家在人数和性别的比例上达成一致；詹姆斯第四次穿越回1996年，看到的关于病毒、病源的涂鸦与他在2035年接受拯救培训时看到的黑白字迹一样。
当詹姆斯在广场等待凯瑟琳准备一起远走高飞时，他看到商店橱窗里展示的熊的巨幅海报，与2035年他在采集标本时看到的熊的样子是一致的。
凯瑟琳为詹姆斯在商场里挑选伪装的衣服，詹姆斯却发现这座商场刚好就是2035年他去过的那栋废弃的大厦。
当准备逃跑的詹姆斯在机场遇到前来刺*凯瑟琳的荷西，背后响起的飞机场征求志愿者的广播，正如2035年地下监狱里不停播放的征求志愿者的广播……
