不过或许怕和第二部矩阵五次迭代混淆，所以最终这段没有放在电影里，甚至我一度猜测，可能第二部矩阵五次迭代的设想，就是从尼奥和赛弗，尼奥和墨菲斯这两段删减对话中获得的启发，因此才有了第二部后面架构师揭露的真相的剧情。
再接下来就是赛弗出卖大家的戏份，赛弗和崔妮蒂那段对话，96版本赛弗有更多的谈话内容。
其中赛弗就说到，在某种程度上，崔妮蒂你很幸运了，在座的人可能永远都不知道为什么会死掉，前一分钟还活着，下一分钟就死了，没有警告，但我告诉了你们，至少这是我能做的。
然后赛弗愤怒跳到墨菲斯的身体上，大声说道，你看！真相！真相！真相就是人和机器的战争已经结束了，战争已经结束很长一段时间了，而且你猜怎么着，我们人类失败了，我们输掉了战争！
崔妮蒂说，那锡安呢，锡安不是还在吗？！
赛弗轻蔑说道，锡安？锡安不过只是其中疯狂的幻想而已，这就是我为什么要这么做，锡安必须结束，现在和永远。
崔妮蒂突然意识到了赛弗和史密斯的计划。
崔妮蒂说道，哦天呀！这是关于锡安的，你给了特工墨菲斯，想要去拿到锡安的访问代码。
赛弗回应到，你看崔妮蒂，我们人类未来会有一个地方，但不是在锡安，而是在矩阵里。
之后崔妮蒂大声怒斥，矩阵不是真的！
以上这一段在影片中换成了赛弗后悔选择红色药丸，还有隐去了锡安接入的计划。
接下来就到了最后尼奥跑到303接电话那场戏，最早的剧本这一段非常简化，尼奥中枪之后，崔妮蒂并没有亲吻尼奥，也没有聊到先知告诉崔妮蒂会爱上救世主，而是崔妮蒂在和尼奥相处过程中，喜欢上了尼奥，并不断呼喊尼奥你清醒点！
然后尼奥就醒了，尼奥站起来给史密斯再次竖起了中指，然后就去接电话了，并没有和史密斯切磋，也没有钻进史密斯的肚子让史密斯裂开。
尼奥钻进史密斯体内这段，对后面史密斯升级还蛮重要的，老剧本这场戏过于简化了。
好让我们来到最后一场戏，尼奥在矩阵中打了个电话，在拍摄剧本中，这里的台词更为丰富，也和电影中有所区别。
在剧本中尼奥一上来就直接说，Hi，It's me，似乎尼奥已经清楚对方一直在监视他，尼奥现在也知道对方是谁。
在这普遍认为尼奥打的电话，是打给特工，或者是第二部的架构师，亦或是矩阵大帝。
在剧本中的内容，就比较明确指向尼奥打给的人，应该是架构师。
