从绯色篇开始，柯南的主线步入深水区。与主线相关的情节从以前偶然出现到现在没几话就抛出一个伏笔。在正文之前，小编先说分析一下红黑双方实力状况：在满月篇以前，柯南（红方）处于单打独斗的不利地位，但随着FBI的加入，红黑双方实力大体均衡。一方是悄悄调查，一方则是全世界的敌人。红与黑的纠缠持续到波本真实身份露出水面。埋下两个卧底的柯南（红方）一方无疑占有优势，而绯色篇后组织二号朗姆开始行动。关于这篇文章，涉及的内容就是分析到目前还存疑的事件、主线人物身份的疑点、顺带整理目前支持率较高的理论。
人鱼岛伏笔
人鱼岛问题的根源在于青山的访谈中提到过 ，在儒艮之箭那回帐簿上写着“宫野志保”，柯南说“那家伙应该不会是追求长生不老的类型吧”然后场景就到那边结束了，青山老师明确指出是伏笔。
组织不会允许重要成员雪莉独自外出，所以我们可以推测组织也有其他成员随同前往，宫野志保旁边的名字就很可能是组织成员的姓名。至于此行目的，第一种可能性是执行任务。平次的那本中有前外务大臣、内阁官房长官、日银总裁等一大堆以前负责主导日本政务大人物的名字，依组织的实力，不露痕迹地除掉这些人也很正常。
组织制造APTX-4869药根本目的是使人不受制于时间的洪流，所以更可能的是调查这里长生不老的方法来辅助制药。
板仓卓伏笔
这个案件很明显与组织终极目有联系。同样青山访谈中有类似提示：板仓卓死后，柯南把光盘拿走去找琴酒。关于这个故事还会有更多信息，肯定会有后续！
板仓卓开发软件很重要，才让组织不断地*扰。而且组织目的之明确让板仓卓畏惧“为了全人类着想”。软件的内容无从知道，但肯定与制药相关，文中有明显的暗示：“We can be both of God and the devil. Since we’re trying to raise the dead against the stream of time.”（我们既可以是上帝，也可以是魔鬼。因为我们正试图在时间的洪流中唤醒死者）。所谓神当然是指APTX-4869药制成的壮举和它神奇的功效，恶魔是组织的巨大野心它对全人类的危害性。不管怎么说，组织的目的不仅仅是长生不老这么简单。
