詹姆斯
目前圈内比较认可的一个理论是詹黑论，即FBI的詹姆斯是黑衣组织卧底。这个理论的背景是随着基尔和波本作为卧底的出场，局势从黑方占上风迅速变成红方明显优势。而根据红黑篇到绯色篇青山埋下了八年伏笔，我们可以大胆推测，说不定詹姆斯刚出场时就是设定好的卧底人选。能作为证据的信息如下：
首先熊猫案中詹姆斯刚出场时灰原有了轻微反应，可以解释为她的黑衣组织雷达起了作用。接着柯南联想到了“莫里亚蒂教授”，象征着没有暴露身份、一直掌握情报的卧底，也是“福尔摩斯”最大的敌人。接着詹姆斯提到自己来自卡彭，那个传奇黑帮的老巢，而且这个卡彭梗还在血染情人节案中再次提到，可能是他身份的暗示。
詹姆斯身份的疑点在于他缺少对抗组织的理由。水无怜奈、茱蒂·斯泰林和赤井秀一都有亲人因组织而死，卡迈尔是因为破坏了赤井秀一计划的自责，就连安室透也在连载中透露了部分回忆。唯有詹姆斯没有这种出于情感的动机，最后反水也不会使剧情变生硬。
另一方面，红黑篇中本堂瑛佑在医院听到“七只乌鸦”，因此柯南把注意力放在楠田陆道身上。但楠田陆道连酒名都没有，级别与宫野明美相当是组织的外围成员，不可能有资格与boss直接联系。而且他是琴酒派出的人，理应通知水无计划的负责人琴酒，更能证明“七只乌鸦”并不是他发出的。那么，向boss报信的人就很可能是看守水无的FBI了。
最后一个疑点是组织为何还没有对基尔采取行动。基尔被干掉就说明消息败露，那么詹姆斯作为知道水无计划的人之一就会首先被怀疑。我们可以推测，詹姆斯在组织的地位比贝尔摩德和琴酒要高，他掌握了二人不知道的赤井假死计划。青山访谈中说过琴酒在组织里的地位能排进前十。如果詹姆斯黑论成立的话，组织就会立即知道红方的行动。更何况基尔已经暴露，波本很快也会暴露。这将是柯南主线一次关键的反转。
赤井一家
先说赤井务武，十年前的涟漪篇引出了十七前的羽田浩司案。赤井务武正是在羽田案中“遇上了一个不得了的敌人”。因为事态严重，他将妻子儿女送到了“比较安全”的日本然后失踪。首先赤井务武是失踪并不是领妹所认为的死亡，有可能还活着并卷入朗姆篇中。然后组织在各国都有势力，赤井务武为什么会认为日本安全呢？如果赤井务武自己准备到日本与他们会和就能解释得通了。在目前出现的主要人物中容貌大变，十年昏迷的黑田就有可能是赤井务武的化身。情况可能是这样的：十七年前赤井家族与羽田家族关系很好，一直调查朗姆的赤井务武自然地卷入了羽田案，之后变装成黑田进入日本警察系统。
