事业副科实际上很少有这样的提法，在事业单位内部其实更多的应该叫管理八级，对应行政上的副科。事业单位在三定上会有行政规格上的描述，比如相当于正科级，或者直接写明机构规格副科级。在事业单位内部，聘任在相应的岗位上，必须要先向人社部门事业单位人事管理科报请设岗审批，正科级就是管理七级岗，工资上体现为七级职员，副科级就是管理八级岗，工资上体现为八级职员。在这方面，公务员副科没有那么多条条框框。
虽然都是副科，不过两者在很多方面都存在比较大的差距。总体来说，公务员副科要好于事业副科，当然只是相对而论。
1.编制和管理依据不同。公务员副科是行政编，依照《公务员法》进行管理。而事业单位副科属于事业编，依照《事业单位人事管理条例》进行管理。这意味着公务员副科和事业副科有着不同的编制和管理依据，这是两者之间最基本的区别。
2.工作性质和职责也有所不同。公务员副科是国家机关的领导职务和管理人员，主要从事行政管理工作。而事业单位副科则是事业单位的领导和管理人员，主要从事事业单位的管理和服务工作。这种工作性质和职责的不同，导致了两者在具体工作内容和职责上的差异。
3.任职方式和选拔程序也有所不同。公务员副科的来源渠道相对多一些，除了从满足年限的一级科员中选拔产生，还可以从三四级主任科员中产生，也可以从参公事业单位副科转任，还可以从事业单位满足2年的事业副科中调任。而事业副科，通常都是按照《事业单位*员管理办法》，从管理九级岗中晋升。当然，事业副科有时候会采取招才引智的方式，从有工作年限的研究生或者博士生中选拔任命。
4.工资福利待遇不同。公务员工资经过改革以后，目前相对比较固定，基本工资属于国标部分。工作性津贴和生活性补贴、基础绩效奖励部分、年终绩效考核奖与当地财政水平有关。事业副科岗位工资和薪级工资，同等条件下也是国标统一的。绩效补贴跟当地财政水平有关，目前其他的奖励补贴尚未改革整合。不过，公务员比事业单位多了车补和通讯奖励，整体上公务员副科工资要比事业副科高出不少。
5.工作稳定性和职业发展前景不同。由于公务员制度的存在，公务员副科的工作相对来说更为稳定，具备着较高的社会保障，无论社会怎么发展，机构怎么改革，个人编制性质不会受到影响。而事业单位副科则受社会发展需要影响，会面临改革变动，影响整体上的稳定。公务员副科未来晋升之路更加宽广些，既可以下放到事业单位任职，也可以在行政机关享受职级并行；事业副科相对要窄了很多，很多都只能在本单位原地退休。
除此之外，公务员副科毫无疑问肯定是干部身份，而事业副科可以是干部身份，也有可能是工人身份转岗；公务员因为职业特殊性，属于体制内编制的天花板，通过工作接触到的群体更为广泛一些，是以社会地位和人脉资源也要远远高于事业群体。
