由于和其他鳖种长得很像,斑鳖在野外被捕后难以得到及时的保护,其待遇和普通甲鱼无异,野生种群因此遭到滥捕。在2005年,国内的保护团体开始关注斑鳖,但当时全球的活体斑鳖已经极为罕见,清点出的数量只有6只,中国有5只,越南有1只。
斑鳖数量稀少的原因,还与栖息地的变迁有关。斑鳖是一种大型肉食动物,自然摄食量大,需要广阔的水面、丰富的食物资源才能维持生存。因此,斑鳖对栖息地的要求很高,国内最具代表性的栖息水域就是太湖。
太湖湖型浅而广,藻类密度高,底部淤泥深厚,食物资源多样,适宜作为斑鳖的狩猎场、繁殖场。历史上,斑鳖的确曾在太湖广泛分布,湖区的鼍头渚、鼍山都和斑鳖有关,老一代渔民口口相传的“太湖巨鳖”也多为斑鳖。
但从上世纪50年代开始,太湖的生态环境发生巨变,水体呈现富营养化倾向,氮磷污染加剧,水环境不再适合斑鳖的生存。另一方面,太湖的渔业和生态也陷入了两难的困局,鱼的种类和资源量不断减少。
50年代时,湖区监测到的鱼种仅有63种,蛇鮈、银鲴等具有地区性经济价值的鱼类濒于绝迹。60年代,太湖流域兴建闸坝,洄游性鱼类的繁殖通道被截断,自然种群几近消失。到了70年代,大规模的围湖造田则导致湖滨湿地急剧减损,湖泊面积减少了13.6%,161平方公里的湖荡消失,定居性鱼类的产卵场大幅度萎缩。
伴随着太湖生态的变迁,湖中的斑鳖也开始销声匿迹。根据陈晶等学者的报道,最近50年来太湖流域再未发现过斑鳖的踪迹,由此可反推,太湖斑鳖在70年代或已绝迹。