1368年，明朝建立以后，元朝势力败退北方草原，继续与明朝对抗。明朝继承了元朝的行省制度，并且进行了完善和调整。明朝的情况特殊，朱元璋起家于江淮地区，凤阳是明朝的中都。再加上明朝的南北两个都城，出现了南北直隶与13个省的区划格局。北直隶包括现在的河北省、北京市、天津市等地，南直隶则包括了现在的上海市、江苏省、安徽省等地。
由于南直隶的特殊性，明朝在南京设立了南京六部，基本上管理南直隶各地的事务。17世纪中期，清朝逐步消灭了各地的农民起义军、南明各个政权，确立了自己的统治。清朝定都北京，北直隶更名为直隶省。南直隶的地位下降，更名为江南省。江南省人口众多、面积辽阔，管理难度很大。康熙皇帝在位的初期，清朝撤销了江南省，设立了江苏省、安徽省。
其中，安徽省下辖了8个府、5个直隶州，分别是：安庆府、徽州府、宁国府、池州府、太平府、庐州府、凤阳府、颖州府、六安州、泗洲、和州、滁州、广德州。巢湖市下辖的4个县，在清朝统治时期，隶属于庐州府等几个州府管理。至于安徽省的省会，确立在安庆府。安庆府的位置过于偏南，不利于对皖北各地的管理。
1912年，统治了200多年的清朝灭亡以后，我国进入了军阀混战的复杂阶段。由于军阀之间相互进攻，根本没有精力调整各地的区划。在抗日战争时期，安徽各地遭到了严重的破坏，各地急需休养生息。1949年，新中国建立以后，出于管理需要，将安徽省划分为皖北行署区、皖南行署区。皖北行署区驻地合肥，皖南行署区驻地芜湖。
两大行署区各自下辖了几个专区，其中，巢湖专区隶属于皖北行署区管理，巢湖专区下辖了三河市、巢县、无为县、含山县、和县、庐江县、肥东县等地。进入50年代以后，随着大规模战争的结束，我国进入了战后重建、恢复生产的阶段。此时，过于复杂的区划，对于经济发展不利。1952年，皖北、皖南行署区被撤销，重新合并为安徽省。至于安徽省的省会，确立在合肥市。
皖北、皖南行署区合并以后，安徽省各个专区的区划进一步调整。巢湖专区被撤销，肥东县、肥西县划入了滁县专区、六安专区管理。其他的各个县，则全部划入了芜湖专区管理。这样的格局持续了10多年时间，1965年，巢湖专区第二次组建，下辖了巢县、无为县、含山县、和县、庐江县、肥东县等6个县。60年代末期，我国所有的专区更名为地区以后，芜湖专区更名为芜湖地区。
进入70年代以后，我国各地经济持续高速发展。为了适应经济发展的需要，80年代初期开始，我国各省下辖的各个地区，陆续调整为地级市，例如芜湖市、安庆市等等。1984年，巢县被撤销，设立了巢湖县级市，隶属于巢湖地区管理。1999年，随着巢湖地区的持续发展，巢湖专区被撤销，设立了巢湖地级市。原来的巢湖县级市被撤销，设立了居巢区。
巢湖地级市下辖了1个区、4个县，分别是：居巢区、庐江县、含山县、和县、无为县。进入21世纪之后。安徽省的整体发展非常迅猛。尤其是省会合肥市，迅速崛起。但在城市发展的过程中，合肥市出现了进一步发展空间不足的情况。当时，合肥市下辖的区域有限，对城市整体框架的扩大，造成了一定的影响。出于进一步发展的需要，经过反复考量以后，2011年，巢湖地级市被撤销。
