第四纪之前，泛江汉平原一带已经下沉为陆凹地，逐渐形成湖盆，巨型大湖（云梦泽）出现了。湖北的江汉湖群一般被认为来源于长江、汉江及其他河流的改道和摆动运动使云梦泽消退，伴随着江湖的相互作用，云梦泽被分割成众多更小的湖泊，原云梦泽一带成了湖泊和沼泽共存的地区，越往后大湖泊化小，小湖泊再化小，沼泽消失，露出水面的稳定陆地越多，云梦泽就这样消失了，剩下的是低平的平原和星罗棋布的湖泊。
中国第四纪地质研究显示，武汉地区的地质主要由湖积物、洪积物、冲积物和残坡积物构成，在三万多年以前，武汉地区大部分区域仍然泡在水中，距今三万年之后有逐渐有大片陆地露出水面。
地质研究回答了武汉的湖泊从哪里来的问题，在漫长的时间里，汉江汇入长江处（也称汉江三角洲）一直在往东边推移，直到明成化年间基本定型，河流的改道和摆动，一方面河流中夹带的泥沙和生物残骸淤塞了湖泊，使较大的湖泊被分割或萎缩，另一方面河流故道可以会潴水成湖，武汉的天然湖泊就是这么来的。
武汉的湖泊为何萎缩
一般来讲，湖泊的萎缩表现为面积缩小、容积变小，数量减少，在历史早期，武汉地区的湖泊数量比现在还多，面积和容积也比现在大，但即使没有人类活动，吞吐型湖泊的最终命运都是消亡，因为河流与湖泊的相互作用就会使这些湖泊消失，河流会夹带泥沙和生物残骸注入湖中，让湖盆淤浅，轻则湖泊会被分割，重则湖泊会消亡变成沼泽地，进而变成地基较为稳定的陆地，只不过这个过程需要千百年、上万年的时间。
在人类生出征服自然*的时代，湖泊的消亡根本不需要千百年，十年、数十年就足够了，最直观的例子就是我国最大淡水湖的易位，爷爷一辈的我国最大淡水湖是洞庭湖，到了爸爸一辈已经变成了鄱阳湖，如此大湖都如此，小得多的湖泊就更不用说了。
在上世纪及本世纪初，随着武汉的人口增加，城市就要扩大，其中最先需要的就是地，因此部分湖泊被填平了，有些湖泊部分水域被填平了，武汉的湖泊面积、数量、容积就这样减少了，由此引发了对城市不利的后果，湖泊调节河流径流的作用下降，每到雨季可以看到原来是湖泊而被填的区域，往往是内涝最严重区域，很多地方年年可以“看海”。
东湖截污前
在城市的迅速发展中，消失的不止是湖泊的面积和数量，还有湖泊水质也在恶化，2016年武汉市环境质量状况公报显示，在武汉166个湖泊中，进行水质监测的是165个，Ⅱ类水质的湖泊数量是2个，Ⅲ类水质7个，Ⅳ类水质60个，Ⅴ类水质44个，劣Ⅴ类水质达52个，这些湖泊中，有59个湖泊处于中度富营养状态，14个湖泊处于重度富营养状态。
武汉的湖泊到哪里去
雨季时节的内涝和严重积水，让人们真正意识到了城市湖泊的作用，像武汉这样地势低平的内陆江湖城市，每年的雨季最主要的市政工作就是防汛、放内涝，在多年的经验教训中，保护湖泊已经成为了人们的共识，在武汉中心城区，湖泊被保护的同时，湖泊所发挥的作用惠及了全体市民。
近五六年来，武汉已经大手笔进行了湖泊的保护工作，官方层面要求“以对历史负责、对子孙后代负责的使命感、责任感，重拳治湖，守住湖泊底线，一个湖泊不能少，一寸水域不减少”，承诺“锁定岸线、全面截污、还湖于民、一湖一景、江湖连通”，每年都会发布武汉湖泊“体检”报告，对湖泊水环境质量进行监测，以采取有效措施对湖泊进行保护和污染防治。
