【变色不同】水松秋季变色不明显；水杉秋季叶片由绿转中褐色。
【球果不同】水松的球果倒卵圆形；水杉球果近四棱状球形或矩圆状球形。
水杉球果
水松球果
【耐湿不同】水松生长环境为湿生环境，非常耐水湿，不耐低温；水杉耐寒性较强，也耐水湿，不过在长期积水排水不良的地方生长缓慢。
【分布不同】野生水松在广东、福建、江西、四川、广西、云南等地零星分布，在IUCN红色名录评级为易危（VU）；而野生水杉则在湖北、重庆、湖南三省交界的利川、石柱、龙山三县的局部地区分布，在IUCN红色名录评级为濒危（EN）。
落羽杉
还需要注意的是，近些年我国从北美引进了落羽杉（学名：Taxodium distichum (L.) Rich.），也叫落羽松或美国水松，和水松也很容易混淆，我们也简单把落羽杉介绍一下：落羽杉属于杉科落羽杉属落叶或半常绿乔木，极耐水湿，叶片羽状螺旋生长，秋季叶片变为棕色（古铜色）。另外同属落羽杉属（Taxodium）其他两种：池杉（Taxodium ascendens Brongn.）和墨西哥落羽杉（Taxodium mucronatum Tenore）也有引进。
