截至1637年俄国人已推进到鄂霍次克海一带。清军入关之际沙俄乘机侵入黑龙江流域：1643到1644年间哥萨克人瓦西里·波雅尔科夫沿黑龙江而下进行探险考察并建立了雅克萨城等要塞。沙俄在黑龙江流域扩张时正值清军主力入关与南明和农民起义军作战之时。当地部族在得不到清朝正规军支持的前提下根本无力与装备火绳枪的俄国人对抗。直到顺治十一年（1654年）清军才第一次对俄军展开自卫反击。
300名八旗军、300名赫哲军以及藩属国朝鲜提供的100名士兵在这年的四月二十七日在厚通江（即混同江，今松花江）与斯捷潘诺夫率领的约400名俄国哥萨克发生遭遇战。俄国史料中对这场战斗记载道：“我们与博格达大军遭遇，博格达（蒙古对清朝皇帝的尊称，哥萨克用此称呼清朝皇帝及清帝国）军带有各种火器——大炮和火绳枪。我们与该军交了火，博格达军的骑兵骑马、步枪架船与我们交战”。
此战后斯捷潘诺夫率残兵逃到黑龙江上游，在呼玛河口筑城准备过冬。清朝决定彻底歼灭盘踞在呼玛尔城堡的俄国哥萨克，因此在1655年（顺治十二年）派明安达礼“自京师率师征讨，进抵呼玛尔诸处”。三月末清军在当地原住民的配合下猛攻蜷缩在呼玛尔城堡的哥萨克，据险死守的俄军与清军相持不下，最终粮饷不支的清军在四月中旬撤退。因此斯捷潘诺夫一伙得以绝处逢生，继续窜犯黑龙江流域。
顺治年间清军这几次自卫反击的规模都相当有限，而且最终并没能解决中俄边界问题。康熙二十二年（1683年）九月清政府勒令盘踞在雅克萨等地的沙俄侵略军撤离中国领土。沙俄侵略军对此不仅拒绝理睬，反而率兵流窜至爱珲境内劫掠。清军将领萨布素率部将其击败后趁机将黑龙江下游侵略军建立的据点全部予以焚毁。至此雅克萨已成为一座孤城，然而盘踞孤城的侵略军仍负隅顽抗。
