艾萨克开始了追捕模式
追捕失败后艾萨克被生化人咬伤
爱丽丝此时开始反击
进入实验室的爱丽丝发现了克隆实验
并事先救下了其中一位
被咬伤的艾萨克博士注射了大量的解药
虽然保留了神智但身体却发生了变异
最终在两个爱丽丝的配合下被电网刀*死
但是这其实只是艾萨克博士的克隆人之一
接着爱丽丝释放了所有的克隆人
并且带着她们*入了保护伞公司的总部
东京的地下基地并成功将其摧毁
克隆人全都牺牲了
爱丽丝也在飞机上
被威斯克收回了能力成为了普通人
爱丽丝在接下来的生活中便一直寻找生存下来的人
找到一批人后他们打算前往广播中的地方
阿卡迪亚
因为广播说那里没有感染而且可以提供保护
等爱丽丝他们到了后却发现
其实是威斯克的陷阱
目的就是将生存下来的人都带来这里
从而有足够的目标进行实验
于是爱丽丝他们解救了被困人员
炸掉了飞行中的威斯克
然而事情并没结束
此时被保护伞公司
用红蜘蛛控制的军队出现了
摧毁了阿卡迪亚
并带走了爱丽丝
把她关在了冰层下的实验基地