对于皮卡丘的原型，一直以来存在较大争议。很多人猜测老鼠、花栗鼠、龙猫、兔子甚至猫可能是皮卡丘的原型。这个可爱的角色又像老鼠、又像龙猫，但是大家都没有确切的证据。皮卡丘到底是啥也成为困扰粉丝的一个谜团。
直到2018年，皮卡丘的原型才正式被日媒公布出来。
据观察者网报道，2018年2日，日本《读卖新闻》报道称，早在1996年，《精灵宝可梦》（大陆称宠物小精灵）这款游戏首次发布时，游戏开发者便告诉记者，皮卡丘的设计是基于一只松鼠而非老鼠。当月下旬，《精灵宝可梦》特许经营品牌管理公司Pokemon Co.将把这些信息添加至官网。
《读卖新闻》称游戏开发商GAME FREAK公司执行官和插画师西田敦子（Atsuko Nishida）介绍，在最初创作时，她为皮卡丘制作了一个类似“竖起长耳朵的日本甜点大福饼”的形象。
在被告知皮卡丘的形象需要非常可爱后，她又根据松鼠的特征设计了新的形象，因为当时她想养只小松鼠作为宠物。
美国国家地理杂志有一篇文章介绍说，松鼠科是哺乳纲啮齿目一个科，松鼠前后肢间无皮翼，四肢强健，雌性个体比雄性个体稍重一些。花鼠属与松鼠属其脸颊内侧有颊囊的构造，能储存很多食物。尾毛密长而且蓬松，四肢及前后足均较长，但前肢比后肢短。耳壳发达，前折时可达眼睛。该文称，松鼠科动物与皮卡丘在外形上有很多相似之处。
不过，虽然皮卡丘最初是以松鼠为形象设计出来的，但GAME FREAK总裁田尻智依然把皮卡丘认定为老鼠，而且在游戏中，皮卡丘与拉达、玛丽露等都被归类为鼠类神奇宝贝。
