德川幕府时期的“元和大殉教”事件
江户幕府的动作远远超过了丰臣秀吉时期，加上横征暴敛导致民不聊生，激起了不少天主教徒的反抗。
1637年，在岛原、天草地区发生叛乱，次年“岛原之乱”被镇压，德川幕府更加强化了对教会的逼迫。
而在这段时期里，日本教会很多信徒拒绝放弃信仰，踩踏圣像而殉道，仅仅十几年内就有将近30万信徒殉道。
《沉默》故事背景即发生在这段时间
远藤周作的著名小说《沉默》就是以这段历史为背景的，讲述着日本信徒的苦难。
尽管面临严酷环境，但仍有不少虔诚的日本信徒坚守，转入地下活动，在日本社会秘密发展。
有的信徒虽然表面上“放弃信仰”，“皈依佛教”。但他们偷偷地在观音像内藏着十字架或者在像内暗藏十字架标志，进行“供奉”。从而形成了“玛利亚观音”的文化形象。
还有的信徒做了假冒佛教石碑的十字架，放在寺院内，每次到庙里不拜偶像，而是在石碑前默默祈祷。
正是一群爱主的日本信徒的坚持，才使福音的种子在日本禁教期间得以延续。
遗产之一——长崎大浦天主堂
2018年成为世界文化遗产的“长崎及天草地区的潜伏天主教徒相关遗产”，正是这一段苦难史的见证。
1853年美国人以炮火轰开了江户幕府紧闭的大门，日本随之迎来了倒幕运动与明治维新，迅速地进入近代文明。
1873年，日本取消了德川幕府以来的禁教令，基督宗教得以在日本自由发展，日本教会结束了长达200多年的苦难，迎来了新生。
1859年，圣公会传入日本，为新教传播之始。天主教卷土重来，长老会、浸信会、卫理会、公理会等新教宗派甚至俄罗斯东正教都相继传入日本。
到了1912年，共有新教徒9万、天主教徒6.6万以及3.2万东正教徒。
尽管日本教会信徒不多，但由于积极从事科教文卫工作，加上当时日本“脱亚入欧”，学习西方的热情。
因此有不少知识分子加入教会。像新渡户稻造（《武士道》的作者）、内村鉴三、贺川丰彦等等。
此外，福泽谕吉等等日本有识之士虽然并非基督徒，但认为基督教将是日本发展的重要补充。
明治学院大学是日本首座基督教系大学
而教会兴办的明治学院、明治学院大学、西南学院大学、圣心女子大学等等学校，也是日本首屈一指的教育机构。因此，尽管信徒不多，但基督信仰在日本的影响力是不容小觑的。
近代日本教会尽管取得一定发展，但仍然难以摆脱政治的干扰。
从1889年开始，为强调天皇至上，并为侵略战争服务，日本将神道教设立为国教，日本教会的发展遭到拦阻。
直到战败前，日本教会（无论新教、天主教）都被迫先后允许信徒参加神道教仪式。
而在日本对外关系上，不少教会人士也丧失了公义与仁爱的原则，支持日本军国主义的侵略战争。
比如在1937年圣诞节，日本某教会发布文告指出：
“虽然我们基督徒理解并支持我国政府的对华政策和华北事件；虽然我们同情我国的军官和士兵。
他们真正遵循上帝‘人为朋友舍命，人的爱心没有比这更大’的教诲，甘愿在危险的气候下承担艰苦的战事……”。
熟知历史的人都知道，1937年圣诞节前后，中国南京正遭遇惨绝人寰的大屠*。
而日本教会所同情，甚至认为“遵行上主旨意”的日本官兵，正是这场人间惨案的制造者。
不管是有意还是无心，此时日本教会已经跟法西斯主义站在一起，在罪恶上有份。
1941年，日本政府甚至组织成立日本基督教联合教会，强迫所有宗派加入。
由于近代日本教会与日本国家意志紧密联系，日本教会内一些有识之士站出来，抵制日本政府对教务的干涉。
