9时02分，客机爬升到11000米的巡航高度。
9时21分，机长同空管中心进行了通信联络。
9时23分，空管中心通知机长已经有两架客机撞向了世贸大楼，并提醒小心有恐怖分子闯入驾驶舱劫机。
9时27分，机长回复了空管中心的消息。
9时28分，2名恐怖分子闯进驾驶舱，机长和副驾驶迅速关闭了自动驾驶仪，并将麦克风的开关从机舱广播转换到了同地面联系的无线电，从而能够让空管中心听到客机内的声音。虽然机长用无线电向地面发出了求救信号，但恐怖分子打伤了机长和副驾驶，控制了客机，调整航线飞向华盛顿。另外2名恐怖分子在驾驶舱外把守，并且控制客舱的乘客。
9时35分，客机调整航向向东，爬升至12400米高度。
在这期间，乘客和空乘人员陆陆续续给地面打了35次空中电话，得知了世贸中心和五角大楼被撞的消息，众人决定反抗。
9时57分左右，乘客开始与恐怖分子搏斗，恐怖分子被攻击后开始操纵客机上下左右晃动，以使乘客失去平衡。
10时00分左右，乘客制服了驾驶舱外的2名恐怖分子，开始使用餐车冲撞驾驶舱舱门。
10时02分左右，客机失控，高度极速下降。
10时03分，客机以每小时906公里的速度坠毁在宾夕法尼亚州斯托尼克里克镇的田野里，距离华盛顿只剩20分钟时间。机上44人全部死亡。
经查，4名劫机者分3批于7时03分、7时24分、7时39分通过安检通道，其中1名恐怖分子在安检时被要求进行二次检查，但4人都顺利带着匕首于7时39分、7时40分、7时48分登上飞机。因为前3架被劫持的飞机里，每架都有5名恐怖分子，只有这架飞机是4名恐怖分子，调查人员怀疑漏掉了第5名恐怖分子，经查，沙特人卡塔尼就是第5名恐怖分子，在8月3日入境美国时被拒，因此没有参加此次恐怖袭击行动。恐怖分子劫持这架客机的预定撞击目标是国会大厦，因为乘客和机组成员的反抗而中途坠毁，没有达成目的，该航班上的所有乘客和机组成员也因此被提名为国会金质奖章获得者。
经统计，恐怖分子的4次撞击行动直接造成2996人死亡，6000多人受伤，财产损失无法估量，美国在这次恐怖袭击中遭受的损失远超在二战中被日军偷袭的珍珠港事件。死亡人员中除343名消防员、72名警察、55名军人和19名在袭击中丧生的恐怖分子外，其余的均为普通百姓。从事件发生到现在，还有很多从废墟中找到的人体组织无法确定身份，很多当年参与救援的人因为吸入大量有毒物质而得了癌症，死亡人数超过6000人。
2002年12月，美国联合调查委员会发表了832页的调查报告。报告指出：本·拉登是“911事件”的幕后策划者，为报复美国的中东政策决定劫持10架大型客机，撞击美国境内的标志性建筑和核电站。为完成这一袭击行动，本·拉登精心挑选行动人员，几年前就分批次，零散进入美国，在美国参加飞行员培训。袭击当天每5人一组，挑选载有大量燃油的长途航班，利用机场安检系统的漏洞，携带匕首登上飞机，两人位于距离驾驶舱较近的商务舱，负责夺取飞机控制权，其余三人分散位于客舱中部靠前位置，负责控制乘客和空乘人员，掩护前面的两人行动。参与行动的19名恐怖分子中有15名沙特人，2名阿联酋人，1名埃及人，1名黎巴嫩人，他们中的很多人拥有大学的高学历，会熟练使用英语，长期在西方生活，很容易进行潜伏与伪装。从恐怖分子的角度来讲，此次袭击是成功的，连本·拉登自己都承认行动超出预期。
从调查结果来看，美国情报部门在袭击发生之前就已经收集到本·拉登要在美国本土发动恐怖袭击的情报，但情报并没有受到应有的重视，悲剧还是发生了。虽然倒塌的大楼得以重建，但那些逝去的生命却无法挽回，人们心头的创伤永远不会愈合。
10月7日，美国发动针对基地组织和塔利班的阿富汗战争，这场战争影响了整个世界。
“911事件”以前的劫机事件恐怖分子总会把客机降落到某个地方，然后与政府展开谈判，提出要求，因此当确认客机被劫持后美国并没有派战机或者导弹击落客机，而客机上的乘客和机组成员也认为只要配合恐怖分子就会相安无事。但在此次袭击事件中，恐怖分子就没想过谈判，直接驾驶客机撞向了建筑物。换句话说，即使美国知道恐怖分子劫持飞机要撞向建筑物，是选择击落飞机，牺牲一部分人拯救一部分人？还是如何抉择？这放在任何一个地方都是一道难题。从这之后，世界各国均加强了机场安检程序，在客机上安排了乘警，个别国家还给乘警配备了武器。
“911事件”对世界政治和经济产生了巨大影响，在这里不再继续赘述，总结以下几条经验。
一、应急现场指挥关系。第一架客机撞向世贸中心北塔后，当地政府、消防、警察、卫生、救援队、志愿者等各方救援力量在短时间内就赶到了现场，很多在家休假的消防员和警察看到新闻后都自发前往现场进行救援。然而，因为缺乏统一的指挥机构，救援初期基本处于各方力量各自为战的境地，消防部门虽在世贸中心底层开设了应急指挥部，但前往救援的消防队伍有两百余支，再加上自发前来的消防员、混乱的场面、无法通联的通信系统，应急指挥部实际上能指挥的人员非常有限，以至于很多进入建筑物的消防员在大楼倒塌之前根本接收不到撤出的命令，被压在废墟之下。
诸如此类的大规模袭击事件，救援现场涉及到的力量多元，如果没有一个统一的领导机构来指挥，各自为战，只会让混乱的现场更加混乱，影响救援效率。
二、高层建筑逃生。第一架飞机撞击世贸中心北塔后，直接破坏了北塔全部的楼梯井，导致撞击点上方楼层的人员无法下楼逃生，而上楼后又发现通往天台的门无法打开，即使这些人成功到达天台，直升机也会因为大火产生的烟雾和高温无法靠近，很多人因为救援无望，又无法忍受烈焰的炙烤，选择跳楼结束自己的生命。北塔被撞后，南塔里的人们就开始组织疏散，第二架客机撞击南塔后，一部分人已经跑出了大楼，并且南塔的楼梯井有一个没有被破坏，因此在大楼倒塌之前很多位于撞击点上方的人都成功逃生，南塔的死亡人数也低于北塔的死亡人数。事后统计，选择跳楼的超过20人。
