不过打赢伊拉克战争并未让美国政府从此一劳永逸，因为在距离伊拉克2000多公里的阿富汗战场上，美军已经筋疲力竭。
2001年9月11日，三架被劫持的民航客机分别撞击了纽约世界贸易中心一号楼、二号楼和美国国防部五角大楼，造成美国2996人死亡，自从1941年日本偷袭珍珠港事件以来，美国本土还从未遭受过如此大规模的袭击，当天下午，小布什在地下掩体中和国家安全小组进行了视频会议，会议上小布什质问此次袭击事件是谁*，中情局局长给他的答复是：可能是基地组织。
9月14日，911事件发生72个小时之后，FBI使出浑身解数搜集到了19名劫机犯的身份，这些零散的证据都指明911事件就是基地组织一手策划，而当时基地组织正身处阿富汗，生活在塔利班政权的庇护之下。
2001年10月7日，美国联合英国、德国、波兰等一众北约国家，在日本、韩国、菲律宾等国家的支持下发起对阿富汗基地组织和塔利班的战争，战斗刚一打响，美国便向阿富汗发射了50支导弹和25枚炸弹，包括最新的隐形巡航导弹、激光制导导弹和战斧-4导弹，不到24小时的时间，塔利班多处基地被摧毁，一个月后，阿富汗大半城市被美军攻陷，大约1000名美国海军陆战队员开始进驻阿富汗，但此时的美军并没有意识到，阿富汗的反击才刚刚开始。
阿富汗国内连绵的群山，天生就是为打游击战设立的，在历史上，英国曾三次从印度入侵阿富汗，结果三次都折在了阿富汗游击队手里，强大的苏联在阿富汗周旋了10年，结果差点把整个国家打没了，所以美国对阿富汗的进攻表面上看似一路平推，实则已经陷入了战争的泥潭。
塔利班利用地形优势与美军展开了游击战，为了消灭反抗组织，美国不断向阿富汗增投人力、物力，从2001年到2019年美国在阿富汗的军费支出高达7780亿美元，折合人民币约5万亿，但结果却是塔利班越打越多，美国的钱也越花越多，最终美军选择了撤出阿富汗，全员离开这片伤心之地。
那么现在我们再回到一开始的问题，美国为什么42天就能打下伊拉克，却花了20年都攻不下阿富汗呢？最明显的一个原因就是两者的地形不同，伊拉克主要是以平原为主，境内绝大多数地区的海拔都在百米以下，在这种一览无余的战场上，美国的导弹可以轻松瞄准任何想要打击的目标，美国人最引以为傲的机械化部队也能长驱直入，在伊拉克一路平推，在实力不对等的情况下，这种战争对美国来说简直就是福利局。
但阿富汗则不同，阿富汗境内多是山地和高原，这样的地形严重削弱了美军坦克装甲车的突进能力，美军也曾试过用导弹对塔利班进行远程攻击，但由于塔利班团体太过分散，且阿富汗地形复杂，很难锁定其具体位置，所以最后美军只能选择以陆军在地面上逐步进攻，不过收效甚微。
