法兰克主教将丕平献土的文件送给教宗
天下太平时，可以维持这样的合作。但如果兵荒马乱，世俗权力的衰弱也肯定会影响教权。加洛林帝国完蛋之后，教宗也不能独善其身。每一位掌权者都逼迫教宗受自己控制，但教宗也利用教权予以反制，双方爆发的“叙任权斗争”是中世纪重大的政治冲突之一。
而政教之争最出名的案例，就是“卡诺莎之行”。
所谓“叙任权”就是对主教和其他圣职的任免权力，历来由神罗皇帝掌控。但教宗额我略七世对这种世俗政治交易干涉教权的传统很不爽，决定将权力收回。这下惹毛了皇帝亨利四世。他给教宗寄的信中写道：
“朕亨利，托上帝洪福之国王，与朕全体之主教，晓谕于汝，下台！下台！且汝永遭诅咒。”
额我略七世气坏了，在1076年对亨利四世处以破门律，也就是绝罚，逐出教会，宣布罢黜亨利四世的王位。德意志诸侯很开心，顺势发起叛乱，亨利四世傻眼了。
没招，亨利只能带着少数随从翻过阿尔卑斯山，在意大利北部的卡诺莎城堡求见教宗。
当教宗打开窗台，只见皇帝在数九隆冬身披粗袍，赤脚苦行。三天之后，教宗才邀请亨利进来并赦免了他。不过在几年之后，亨利四世率军攻破罗马赶走了额我略七世，后者又调集诺曼人夺回了罗马。
叙任权斗争持续了半个世纪，直到1122年的《沃尔姆条约》。皇帝放弃圣职任命权，教会也允许皇帝出席圣职选举，并干涉有争议结果的权力。
叙任权斗争以双方各退一步告终，结束了教权与王权长期相互渗透、共生互利的关系。皇权的衰落不可挽回，地方领主的权力进一步加深，开启世俗官僚化进程。而教会也借此吸纳了大批平民信徒，教权威信空前提高，而这将是下一个时代的先声。
1088年，教宗史上的重量级狠人上台——乌尔班二世。
作为十字军东征的直接发动者，这位老兄给人的印象就是愚昧的狂信徒。但实际上他是同时代最开明、最有才能的政治家之一。乌尔班二世先是调集军队将神罗军队从教皇国赶走，然后大刀阔斧地改革。
针对腐败不堪、死气沉沉的教会，乌尔班二世搞整风运动，禁止买卖神职、打击贪腐、禁止神职娶妻等等，使教会风气焕然一新。而乌尔班二世发动十字军东征的核心目标之一，就是让已经分裂的东西教会重归一统，让罗马教廷得以号令从北海到黎凡特的“整个地球”。
1095年9月，乌尔班二世来到法国南部的克莱芒城召开集会。挑动三寸不烂之舌，以睥睨天下的口才和极具诱惑的物质承诺说得台下观众热泪盈眶，大会以山呼海啸的“上帝的旨意！”告终。
不过话说回来，教宗再强也不可能仅凭一次演讲就发动十字军，后者无疑有着极为复杂的历史背景。但在这过程中，乌尔班二世的确起到了无可替代的推动作用，宗教领袖的社会影响力绝对不能忽视。
教宗叱咤风云的时代就像第一次十字军东征的奇迹胜利，当远隔重洋的战士化为中东沙漠上的枯骨，教宗的权威也必然随着十字军国家的命运一起衰败。讽刺的是，教宗能煽动普通人参加十字军，但他们自己的安全却无人保证。
同样因为叙任权斗争，乌尔班二世的继任者巴斯加二世在1111年就被神罗皇帝劫持，监禁了两个月。再加上罗马贵族的威胁，多任教宗不得不离开罗马，如过街老鼠般在意大利游荡，去愿意收留他们的城堡避难居住。
意大利维泰博的教宗行宫，一位教宗在此住了20年
至14世纪，因十字军运动的低潮，教宗的世俗统治力也大幅下滑，在与世俗领主的斗争中十分被动。教廷勉强和神罗皇帝达成和解后，又要面对野心勃勃的法王菲利普四世。
后者要求教宗慷慨解囊，给他付钱来支持对英战争。教宗博尼法斯八世说你隔这跟我开玩笑呢，拿我当ATM？宣布“所有人类都要接受罗马教宗的救赎”。
1303年，翻脸了，摊牌了，博尼法斯八世对法王和整个法国处以绝罚。菲利普四世反手就派人攻入教宗住所，把他扔进牢里虐死了。
随后，法王想到了一个好主意。干嘛还要这样打来打去呢，我扶持个自己人不就得了。于是两年之后，法王本人的朋友上台，这就是克莱门特五世。后者带着整个教廷搬到法国阿维尼翁，此后67年，六位教宗都没回到罗马。这就是著名的阿维尼翁教宗，别称“巴比伦之囚”。
