德国联邦议院
迁都前夜的踌躇在1990年10月3日统一之后，就保留西德首都波恩还是将首都迁往柏林，德国联邦议院经历了长期激烈的辩论，才于1991年6月20日决定“将联邦议院及政府功能的核心部分迁往柏林”通过投票选决，337票赞成迁都柏林，320票否定。柏林派以微弱的优势取得胜利。
迁都柏林，对于波恩人而言，无疑是一种巨大的割舍，既有经济上的损失，也有精神上的背叛。在联邦德国最初的50年里，使德国从残破的战败国一步步成为世界第二大贸易国，第三大经济强国，逐渐被世界再次接纳的一条条重大的决定，正是在波恩完成的。
波恩陪着德国走完这个世纪最艰难的一段旅程，波恩与联邦德国已经紧紧地绑在一起。政府机构在波恩创造的就业岗位也会在政府机构搬到柏林时一同离开波恩，这也就意味着波恩为此还要付出大量公民失业的风险。
法西斯统治
对于德国政府，除了安抚波恩之外，同时还要应对国际上质疑的声音。将首都定在柏林的联邦德国是不是又会回到称霸欧洲的那个德国？它会不会继续之前的帝国主义？柏林对于欧洲来说除了是一座古老的都市，同时也刻上了纳粹大屠*的烙印。
1933年国会纵火案，希特勒在这里建立了法西斯统治，水晶之夜600万犹太人惨遭毒*。柏林象征着那个辉煌而可怕的德国，如今首都又回到柏林，那么德国本身的态度就值得国际上其他国家来讨论了。
未来，究竟是欧洲的德国，还是德国的欧洲？
在波恩的外国使团也存在了很多不满的声音。驻德国的外交使团团长、喀麦隆驻德国大使让·梅拉加对其它国家使馆说：
“我们从来没想过要迁到柏林去，维也纳外交公约规定驻在国必须为购买使领馆提供方便，并帮助外交使团为他们的成员寻找适当的住房，我们还急什么！
在柏林，可用于建使领馆的地方很多，但大多数都是私人产地。他们的要价都超过了非洲国家的承受能力。梅拉加说：每天我们都接到一长串的建议，但每个建议要花10多亿法郎，这个价格我们绝对付不起。
德国外交使领馆大楼
据来自德国方面的设想是，在柏林建一栋外交使领馆大楼，在楼内配备有可供各国使领馆都能轮流举行招待会的场所，让那些资金缺乏的使领馆都住进去。但却遭到了驻德国的外交使团中一些不愿搬迁到柏林的使馆的坚决反对。
目前，在柏林的外交机构共有151个，外交官3000人，包括行政人员、家属共计17000人。 据说俄罗斯、美国、法国、英国等国的使馆，在柏林都有历史遗留下来的地皮，这些国家的使馆搬一次家可不容易，最大问题是资金。就连美国也感到了困难，美国外交部正在国会的督促下出售它在德国的产业，为建造驻柏林大使馆筹集资金。
其实对于德国本身，这次搬迁也是一笔不小的费用。波恩地处西北边界，而柏林位于德国的南部，相距600余公里，迁都耗费的人力物力都十分巨大，要花费3、4百亿马克，对于当时的德国也是不小的负担。
联邦政府
迁都落幕为了平衡波恩，在迁都之前联邦政府对波恩进行了一系列补偿政策：1994年的《柏林——波恩法》中规定国防部、环境部、卫生部、教育部、发展援助部和农业部留在波恩。这样一来不愿意搬家的政府人员只需要换一个部门就可以了，不会造成太大的人员流动；二来也也可以减少因为失去首都之名对波恩造成的损失。
在国会大厦落成典礼上，施罗德对国际上的质疑做出了回应：“迁都柏林，也是重返德国历史，回到给德国和欧洲人民带来巨大苦难的两次独裁政权所在地。但是把帝国的国会大厦同帝国等同起来，就像把柏林同普鲁士的显赫和德国专制主义混为一谈，是毫无意义的”。
对于德国人而言，柏林既是往昔的统一与荣耀，也是刚过去的罪恶与伤疤，回到柏林，也就是要去接纳这一切，去面对这一切。这个孕育了一战和二战的古老国家，不光要向世界上其他国家解释如今迁都柏林并不是帝国主义的野心，在后面的行动中也需要去证明自己。
