黄连一般移栽4-5年采收，采收时间在每年10月中旬，其药效含量最高，采收早了或晚了其药效成分都会变低，采挖后抖去泥土，烘干至一折就断，趁热置于竹制槽笼中冲撞去泥沙、根须及残余叶柄。雅连一般于立冬前后采收，抖去泥后，烘炕至皮干心湿，筛簸去部分杂质再烘至全干，然后在竹槽笼中撞去根须、泥沙，剪去残余连秆和过长过桥即可。云连晒干或烘干再撞去根须泥沙即可。
处方中写黄连，川连指生黄连。为原药材去杂质洗净晒干，切片生用入药者。生用长于泻火解毒燥湿，清心与大肠火。
姜连又称姜黄连，姜制黄连。为黄连片用姜汁洒拌均匀，待姜汁吸尽，晾干入药者。姜黄连清胃和胃止呕。用于寒热互结，湿热中阻，痞满呕吐。
萸连又称萸黄连、吴萸黄连。为黄连片用吴茱萸水煎液浸泡，捞出晾干入药者。萸黄连舒肝和胃止呕。用于肝胃不和，呕吐吞酸。
酒连又称酒黄连、酒饮连。为黄连片用黄酒喷洒拌匀，晾干入药者。酒黄连善清上焦火热。用于目赤，口疮。
猪胆汁炒黄连为黄连片用猪胆汁淋洒拌匀，再用文火微炒入药者。猪胆汁炒长于泻肝胆火。
盐炒黄连为黄连片用盐水喷洒拌匀，再用文火微炒入药者。盐炒可使药力向下行。
黄连炭为黄连片用武火炒至外黑里焦黄，存性，用清水灭尽火星，然后晒干入药者。长于止血。
黄连入手少阴心经，为治火之主药。治本脏之火则生用；治肝胆之实火则以猪胆汁浸炒；治肝胆之虚火，则以醋浸炒；治上焦之火，则以酒炒；治中焦之火，则以姜汁炒；治下焦之火，则以盐水炒；治气分湿热之火，则以茱萸汤浸炒。诸法不独为之引导，盖辛热能制其苦寒，咸寒能制其燥性，在用者详酌之。
黄连味苦，性寒。归心、脾、胃、肝、胆、大肠经。主治清热燥湿，泻火解毒。用于湿热痞满，呕吐吞酸，泻痢，黄疸，高热神昏，心火亢盛，心烦不寐，血热吐衄，目赤，牙痛，消渴，痈肿疔疮；外治湿疹，湿疮，耳道流脓。黄连至苦，而反至寒，则得火之味，与水之性者也，故能除水火相乱之病。水火相乱者，湿热是也。凡药能去湿者，必增热，能除热者，必不能去湿。惟黄连能以苦燥湿，以寒除热，一举两得，莫神于此。
药对大家都知道，像麻黄桂枝、荆芥防风都是。药对介于中药学和方剂学之间，药对是中医临床常用的相对固定的两味药的配伍组合。这里我说三个比较关于黄连比较有名的药对。
黄连配半夏：黄连苦降，可消痰湿所生之热；半夏辛开，能理痰湿之壅结。二药为伍辛开苦降，调肠胃、理气机。用于痰热互结或湿热中阻所致之胸脘胀满，心下痞闷，呕逆欲吐。
黄连配肉桂：《韩氏医通》中说可使水火既济，阴阳交泰，故有交泰丸之名。黄连善清心热，泻心火；肉桂长于和心血，温肾水，使之上济于心，并能引火归元。二药为伍寒热并用，有上泻心火下温肾水，交通心肾之妙，治心肾不交之心烦，失眠等病症。
黄连配吴茱萸：一者疏肝解郁，以使肝气条达，郁结得开；二者反佐以制黄连之寒，使泻火而无凉遏之弊；三者取其下气之用，以和胃降逆；四者引黄连入肝经。功兼四用，二药合用共收清泻肝火，降逆止呕之效。
以上黄连配伍多是一冷一热，一阴一阳，寒因热用，热因寒用，君臣相佐，阴阳相济，最得制方之妙，所以有成功而无偏胜之害也。其它药对如得木香治热滞。得枳壳治痔疮。得白芍泻脾火。得石膏泻胃火。得知母泻肾火。得黄芩泻肺火。得木通泻小肠火。得山楂泻三焦火。配花椒安蛔虫。配芦荟末蜜汤服，治小儿疳疾。配茯苓去湿热，治白淫。佐龙胆草泻肝胆火。佐枳实消痞气火胀。佐细辛治口疮止下血。各经泻火药得川连，其力愈猛。
疗寒以热药，疗热以寒药。黄芩、黄连、黄柏是中医临床常用的清热解毒燥湿药，三者均性味苦寒，常相互配伍应用以提高清热解毒之力。这个世界没有两片相同的树叶，这三者还是有差异的。黄芩主入上焦肺经，以清泻上焦肺火为主，并有清热安胎，泻火止血之功，正如《医学启源》言“黄芩，治肺中湿热，疗上热目中肿赤，瘀血壅盛，必用之药”。黄连清心胃之火，并治肠胃湿热。其清热力量最强。正如《本草正义》言“黄连大苦大寒，苦燥湿，寒胜热，能泻降一切有余之湿火，而心、脾、肝、肾之热，胆、胃、大小肠之火，无不治之”。黄柏专入下焦肾、膀胱经，擅长于清利下焦湿热，并制约偏亢相火。实火虚火皆宜。盖之：黄芩善清上焦之火，黄连善清中焦之火，黄柏善清下焦之火。而清三焦之火多用栀子。
湿热留恋肠胃常配合半夏、竹茹。配木香、黄芩、葛根等以治泻痢。治温病高热、心火亢盛，配伍栀子、连翘。血热妄行可配伍黄芩、大黄。热毒疮疡可配伍赤芍、牡丹皮。胃火炽盛中消证可配合天花粉、知母、生地。临床应用中其若配以大黄、芍药之泄，或配以半夏、栝楼实之宣，或配以干姜、附于之温，或配以阿胶、鸡子黄之濡，或配以人参、甘草之补，因证制宜，所以能收苦燥之益而无苦燥之弊也。
黄连清上诸方多与温中暖下之药并用，此一定之法也。凡泻火清心之药，必用黄连，切当中病即止，不可过剂，过则中下寒生，上热愈甚。庸工不解，以为久服黄连反从火化。凡阴虚烦热，胃虚呕恶，脾虚泄泻，五更泄泻慎服。
传药不传量，只算传一半。以前中医世家对药物和剂量都是保密，绝不传外姓，甚至本家都是传男不传女。若有一代人无意学医就会断代失传，淹没于时间长河之中。众所周知，药是组成方剂的单元，量则是方剂配伍的灵魂。中医不传之秘，在于用量。左金丸由黄连六两，吴茱萸一两组成，量比为6：1。功效清泻肝火，降逆止呕。主治肝火犯胃，嘈杂吞酸，若是方黄连、吴茱萸各等两组成。以粥饮送下，主治水泻不止，赤白痢，腹脐痛。反左金丸种黄连与吴茱萸配伍比改为1：6，左金丸主治肝火犯胃偏于胃火甚者，而反左金丸主治肝寒犯胃偏于胃寒甚者。药还是那个药，主治之病却截然相反，足见其中之神奇奥妙。临床应用时需根据病证属性相应灵活调整用量比例方可见效，不可有方无药。另交泰丸临床应用时要注意心火旺黄连量偏大，肾水寒肉桂量宜增。
同一个病人，找几个老中医就可以开出几张方子。金庸笔下武林分为少林派、武当派、峨眉派、昆仑派、崆峒派等，中医如武术，历来分流派。中国地大物博，幅员辽阔，气候差异很大，人的疾病也很不一样，所以中医相应的产生了很多流派和书籍。滋阴派必读朱丹溪《丹溪心法》；补土派必读李东垣《脾胃论》、《兰室秘藏》；寒凉派必读刘完素《素问玄机原病式》、《宣明论方》；攻下派必读张子和《子和医集》等。
在金代，医生治病多用辛温香燥之药，其易资火伤阴戕伐阳气。刘完素在临床经验中总结出以应用寒凉药物为主的治病思想。张从正在恩师刘完素的用药方略基础上总结出治病重在驱邪，邪去则正安，不可畏攻而养病，重用汗、吐、下三法该尽治病。奠定攻下派理论，成为攻下派一代宗师。医分八纲，人身不过表里，气血不过虚实，医法不过泄补。中医门派众多，唯张从政攻下派善用泻下药。在上者可吐，在表者宜汗，在里者宜下。
黄连商品主要来源于人工栽培。味连主要分布于四川、湖北、云南、陕西、甘肃、湖南、贵州。主产于四川石柱、峨嵋、洪雅；湖北利川、恩施。四川石柱及湖北利川有黄连之乡之称。峨眉、洪雅被誉为雅连之乡。云连分布于云南西北部及西藏南部。
