乙型肝炎病毒( HBV )通过注射或破损皮肤黏膜进人机体后能迅速通过血流到达肝脏和其他器官，包括胰腺、胆管、肾脏、血管、皮肤、白细胞和骨髓细胞等。
1.肝脏
乙型肝炎病毒( HBV )主要存在于肝脏，并在肝细胞内进行大量复制。但病毒不直接致肝细胞病变，主要由宿主细胞免疫反应所致，引起急性肝炎、慢性肝炎和重型肝炎。
肝脏损害的特点是变性、坏死、增生和炎症细胞的浸润。
当发生急性肝衰竭、亚急性肝衰竭(重型肝炎)时可出现大片肝组织坏死，最后形成结节性肝硬化。
HBV在肝细胞内与人体染色体的整合,可启动激活多种细胞促进因子,促进肝细胞癌的发生。
2.肾脏
乙肝患者血液中HBV的抗原和抗体相结合的免疫复合物沉积在肾小球上，可引起乙肝相关性肾炎和肾病综合征。引起浮肿、疲乏、蛋白尿等临床表现，这是HBV肝外感染主要疾病。
3.造血细胞和单个核细胞
骨髓造血细胞可感染HBV，并在其中保存和复制,但复制水平极低。在外周血单个核细胞可存在HBV-DNA,一般与血清中HBV -DNA保持一致。 有时血清中HBV-DNA已清除，但在单个核细胞中有潜藏，是感染持续存在和复发的来源。
4.胆道
80%的急性乙肝、50%的慢性乙肝、失代偿性肝硬化几乎均有胆道感染。表现为右上腹疼痛，是由乙肝病毒或合并细菌感染引起。
5.胰腺
胰腺炎是暴发型乙型肝炎常见的并发症，急慢性乙型肝炎病变活动时，也可发生急性胰腺炎，表现为上腹疼痛，患者的血清及尿淀粉酶增高。
