由于播种期不同，采收时间各有差异，如果秋播的大青叶种子，于第二年5月份开花，5月末至6月份种子逐渐成熟，种子变成黑色时，割取地上部晒干，脱粒，种子装在布袋或麻袋里，放在通风阴冻干燥处，或者马上进行复播。
春播的种子，待苗高16～20厘米时，6月份割取第一次叶子，若割口从基部开始留1．6～2.6厘米，新叶长出后8月份再割一次，如果少量栽培，可在周围采叶子，留中间的进行生长。10月末挖取板蓝根，刨根时在畦子一侧挖50-60厘米左右的深沟，顺沟刨收，勿伤根。刨出后去掉泥土，晒干六、七成，捆成小捆，再进行晾晒至干为止。
菘蓝是古代染料的重要材料。菘蓝和另外一种植物蓼蓝都是古代制造蓝靛的主要原料之一。菘蓝又名大青，其成分中含有大青素B，它实际并非真正意义上的甙，而是吲哚酚与果糖酮酸所形成的酯，吲哚酚配糖体在碱性发酵液中会被糖化酶或碱剂分解，游离出吲哚酚，进而在空气中氧化缩合为蓝色的沉淀——蓝淀（靛蓝）。由于菘蓝甙比蓼蓝中存在的靛甙更容易水解，所以在科学技术不够发达的时期，菘蓝制靛比蓼蓝等其他蓝草更为普及，明代之前的典籍甚至有“蓼蓝不堪为靛”之说。到了近代，西南少数民族地区制造靛蓝才广泛使用蓼蓝。闽南地区为当时的主要产地。
