北大教职员马叙伦
傅增湘原本确实是想撤了蔡元培，但现在被推到了风口浪尖，从此一心想着躲事。
教育总长傅增湘
5月10日，保释外出的学生接到检察厅传票，出席第一次预审。学生们声称，他们是尊重总统命令，顾全蔡校长信誉而来。当检察厅问谁是5月4日事件的主脑时，他们异口同声地回答：“各人具有良心，谁能主使？”因为学生绝不出卖校长、老师，预审遭到了学生们的抗议，便草草结束。
怒火未消的学生们回校后，向检察厅正式递交了一份声明，表示今后再不会到检察厅应讯。
现在几乎所有的人都认识到一个现实：蔡元培不当校长，学生就不复课，反过来说，北洋政府不真正妥协，蔡元培这个校长还真不当了！
气温一天一天升高，炙热的夏天来临了。
在和约签字问题上，军阀政府加快了卖国的策划和活动。学生们制止签字的行动相应也更急切了。
对北大而言，校长不在了，但校长教给他们的社会教育、平民教育思想在，北京大学平民讲演团还在。
1919年5月17日，北京大学派出讲演员共8组，每组约6—7人，分赴东城一带讲演，并沿途发布宣传传单。面对警员的阻止，学生们“以宗旨正大，决无意外，愿负一切责任答之”，坚持照讲不误。
随着学生运动的发展，北京学联以政府镇压爱国运动为由，决议于5月19日起继续罢课，并向北洋政府提出下列条件：
1.向巴黎和会我国代表团发出指令，坚决拒绝在和约上签字；
2.惩办卖国贼曹、章、陆；
3.挽留北大校长蔡元培。
1919年5月19日，星期一，这一天北京下了一场小雨。从上午开始，总罢课开始了，全北京26所中等以上学校的教室都空空荡荡。这一天开始的总罢课，声势十分浩大。它是继“五四”爱国游行之后，北京学生对军阀卖国集团所进行的又一次罢课斗争。北京军阀政府视学生的爱国行动为“纠众滋事，扰及治安”，并不断扩大镇压措施，甚至出动军警殴打逮捕讲演学生。
学生运动却更加广泛、深入地开展起来。在北京街头演讲的学生日益增多，19日那天就有300多人，20日600多人，21日则达到上千人。大批军警日夜包围着北大等学校，限制学生外出。
北京城里一团糟，而这时的蔡元培已经回到了老家杭州，到西湖边读书去了。
那个时候，他读《水经注》，又读《石头记》，浏览中外报纸，一派神仙模样。
在西湖边，他写了《夜雨》一诗：
久已隔窗听夜雨，居然欹枕看朝霞。霞痕转眼已全失，雨意无端又怒加。
起来正是雨霏霏，旭日穿云未敛晖。半西空蒙半潋滟，西湖装得像徐妃。[3]
蔡元培在西湖写诗，但北京那边早已经坐不住了，先是医专校长汤尔和代表各校校长跑到西湖，请蔡元培出面主持公道。蔡元培刚送走了汤尔和，蒋梦麟随后就赶到了，蒋梦麟是蔡元培在浙江中西学堂时的学生，算是他最信得过的人。蒋梦麟陪着蔡元培在西湖住了三天，说是代表北大师生来慰问校长。
蒋梦麟刚走，老朋友沈尹默亲自跑来了，当年是否要来北大，蔡元培就征求过他的意见。这次，沈尹默还携来胡适于六月二十二日写给蔡元培的信，信中向蔡元培汇报了现在北大教授内部的一些动向。蔡元培与沈尹默一起吃了午餐，把给黄仲玉的信，交沈尹默带去，信里讲了孔德毕业证书盖印一事。
他对沈尹默说，夫人的事，需要管，但其他的事，他一概不问了。
这个时候，张国焘的信也到了，信里表达了全校众志成城维护校长的决心。这封信令校长十分开心，于是蔡元培立即给张国焘回了信。
从此，张国焘、胡适，汤尔和与蒋梦麟自北京发来的“快函”不断，北大教授会、学生会的来信也如雪片一般，而蔡元培不为所动——理由是：他真病了，在西湖淋了雨，他的老胃病真的复发了。
得知蔡元培真是病了，徐世昌和国务总理、教育总长也发来电报，以示慰问。蔡元培一面回电，一面暗笑，他对自己的胞弟笑着说：我虽有胃病，但不至于死，至于大总统，他这次恐怕是没有后路喽！
蔡元培知道，徐世昌最后的一招，无非是镇压，但是，如今民众已经起来了，这一招，就是火上浇油。
于是，蔡元培继续在杭州安心养病。
6镇压
从1919年5月底开始，北京学生纷纷组织演讲团，走上街头，向市民演讲，推销国货，每天至少有两三千人上街。
1919年6月1日，北京军阀政府总统徐世昌连下两令，公然包庇卖国贼，逼迫各校复课，并取缔“联合会”“义勇队”等爱国组织。一时间，古都完全陷入了白色恐怖之中，北京大街小巷变成了学生和军警搏击的战场，喊声、枪声、警笛声响成一片。
北京军阀政府总统徐世昌
为了冲破禁令，6月2日，张国焘等人率十几名同学到天安门一带闹市区发表演讲，散发及张贴宣传品，宣传抵制日货，揭露北京政府和亲日派。同前来干涉的警察发生冲突。6月3日，警方根据徐世昌命令，逮捕学生170余人，张国焘等皆被捕入狱，他平生第一次尝到了“铁窗风味”。
张国焘被囚在北京警察署监狱里。他与十几个同时被捕的同学席地而坐，一天多来都没有吃一粒米。他这时也听到自外面传来的消息，又有不少人被捕，北京各校师生正在为营救他们出狱而斗争。他本来有些紧张与害怕，但听到这些消息后便慢慢放下心来了。北洋政府颁发了第四道大总统令，全体军警、宪兵出动，上街逮捕演说者。张国焘等人被捕的消息迅速传至北大，立即激起学生们更大的激愤。对此，北京大中学校教师总辞职，抗议北洋政府弹压学生爱国运动。
在李大钊、陈独秀等人的领导下，北京各校的爱国师生决定：
从1919年6月3日起，所有讲演的学生都挺起胸膛、放大声音，站在大道上堂堂皇皇地举行讲演。如果军警来抓，就让他们逮捕。如果第一天出发的学生全体被捕，第二天就用加倍的人数上街讲演，直至北京中等以上的学校25000人全部被捕为止。
当时学生们热血沸腾，充满豪情地说：
古时赞颂田横五百人同死，为我们中华民族侠烈史上放一异彩，现在我们要增添的异彩四五十倍于他们了！
1919年6月3日，星期二。这天北京的天气忽然大变，狂风怒号，阴云密布。爱国学生不顾狂风闪电，仍坚持上街演说。
上午，瞿秋白等带领三校学生一起参加由北京20多所学校组织的大型上街讲演活动。来到东城区一条街道的预定讲演地点后，瞿秋白便让同学们围成一圈，他信步站在路边一个临时搭建的小台子上，开始向过往的行人讲演：
各位先生，父老姐妹们，同胞们，我来给大伙报告一件事。这次在巴黎万国和会上，我们中国是战胜国，理应得到战败国德国的赔偿，可是我们不但没有获得赔偿，还要把德国强占我们的山东青岛继续割让给日本人……同胞们，中国的土地可以征服，但不可断送！中国的人民可以*戮，但绝不可以低头！
瞿秋白的讲演很快吸引了许多市民。围观的群众越来越多，群情激愤，不少人跟着喊起口号来：“打倒卖国贼！”“团结起来，反对列强。”
突然，大批军警气势汹汹地来到讲演现场，挥舞着警棍，逮捕了瞿秋白等一百余名参加活动的学生。
爱国学生不仅没有被残酷的镇压所吓倒，反而激起更大的抗议浪潮。6月4日，北京高等女子师范等15校女生约600人，也冲出校门，举行了“女子第一次干政游行”。她们一边游行，一边高呼：“打倒日本！打倒卖国贼！撤退包围北大的军警！”游行赴总统府上书：
释放被捕学生；尊重学生人格；自由讲演；立即撤退包围北大的军警。
狱中的斗争也在继续。瞿秋白被推举为学生代表，领导大家继续和卖国政府作斗争。他大声质问看管的警察：“你们为什么要抓我们？你们难道不是中国人吗？你们的良心到哪里去了？”警察们自知理亏，无言以对。瞿秋白鼓励同学们“不达目的，决不休止”。
此时，军警包围了北大三院（北河沿法科），并作为临时监狱，在校门外贴上“学生监狱”四个大字。北大校内外驻扎着军警，近校一带道路禁止行人通过。
1919年6月3日，何孟雄在街上进行反帝爱国宣传时，也被反动军警逮捕，被关在临时改作监狱的北大三院礼堂。曾经的学校变成了监狱，何孟雄感到痛心疾首，斥责政府的黑暗愚昧。他和被捕的同学们表示，政府一日不认错，一日不惩办卖国贼，他们就一日不出拘留所。
时为北大教授的周作人曾亲眼目睹这一事件，他回忆说：
那一天下午(按：指 6 月 3 日下午)，我在北大新造的第一院二楼中间的国文系教授室，那时作为教职员联合会办事室的一间屋里， 听说政府捉了许多中小学生拘留各处，最近的北路便是第三院法科那里，于是陈百年、刘半农、王星拱和我四人，便一同前去，自称系北大教员代表，慰问被捕学生，要求进去，结果自然是被拒绝，只在门前站着看了一会儿。三院前面南北两路断绝交通，隔着水沟(那时北河沿的沟还未填平)的东边空地上聚集了许多看热闹的，男女老幼都有。学生随时被军警押着送来，有的只是十三四岁的初中学生。[4]
被捉来的学生，监狱容纳不下，军阀政府竟化学校为囹圄，待学生如俘虏。
1919年6月4日，北京城内如黑云遮天，一片阴暗惨淡。《每周评论》记载当时的情形说：
东华门一带直到东安市场，有陆军第九师步兵一营和第十五团一团驻扎，连接北河沿一带，直到法科门首，都像战线上的防备一般。 东华门一带的交通一齐断绝……
四日上午十点钟时候，各学生怀里藏着白旗，上写某校某队讲演团字样，或五六人或十几人不等，静悄悄地出去，走到行人多的地方，就从怀中摸出白旗子，大声疾呼地演说。这个时候街心的警察比平常增加好几倍，又有穿灰衣的马队，背着枪，骑着马，四处乱跑。 遇到有人讲演，不问他人多人少，放马过去，左冲右突也不知道踏伤了几多人。把听的人冲散之后，便让游缉队保安队把演说的学生两人夹一人送到北河沿法科大学里边去监禁起来。[5]
当天又有几百名学生被捕，因人数太多，马神庙(今景山东街)的北大理科校舍也扩充为临时监狱。
马神庙京师大学堂校址
这一时期，小小年纪的刘仁静也被同学们的激情感染，积极投入到爱国行动中。从小孤僻、口才不好的他，却主动报名参加讲演团，坚持上街演说，并当众昂然入狱。后来，张国焘回忆道：“那位书呆子刘仁静在六三被捕时，曾因爱国狂热与军警大闹。”
当时在狱中的刘仁静和其他同学一起出现在被告席上，如同小孩站在大人身边，引起人们的议论。《晨报》记者对此有一段记录：
更有学生刘仁静，今年只十余龄，亦与鲁士毅等同被羁押，昨日出庭时，审判长令其答辩，彼竟莫名其妙，不自知所犯为何罪。而辩护人则时时请堂上出注意，谓彼十数龄之小子，实在极可同情云云。[6]
一开始，法院曾有意让刘仁静取保狱外候审，他却选择坐牢抗议来表示“我以我血荐轩辕”的爱国赤诚。他不仅决定拒绝保释，与大家同甘共苦，而且还自觉以不妥协的姿态去“领略此犴独况味”，以致“闻受虐最甚”，这当然使他更激愤，同时也更成熟。
