马新贻最大的特点是文官出身，未参与过军事，与湘军更毫无瓜葛，且素以做事精明干练著称，闽浙风土地缘与两江相近，所以让马新贻接替曾国藩是最好的选择。
虽然正史中没有记载慈禧要求其查证曾氏兄弟及湘军集团之劣迹、追查太平天国金银财宝下落的痕迹，但从当时的事实情况却也有蛛丝马迹可寻。
1868年六月，慈禧在养心殿召见即将上任的马新贻，谈话内容不可知，但马新贻出来后大汗淋漓，汗水浸湿朝服，满面惊恐。
之后马新贻没有按照新官上任的惯例拜见京城各达官显贵，而是匆匆离京，回乡祭祖，这样有违常理的举止，除有重大事务不会如此。
据说，马新贻祭祖启程前，将其两位兄长招到秘室，反复叮嘱:
“我此行吉凶难料，万一有不测，你们万万不得赴京告状，忍气吞声，方可自保。”
两兄惊恐万状，不敢向家人透露半分，看来马新贻自己也知道此去两江凶多吉少，要知道，两江地区被湘军视为私地，岂能轻易让步？
而自己一介文官，没有自己的军队，孑然一身来到南京，如入龙潭虎穴，只是君命难违，只能冒险一搏。
实践证明，慈禧没有看错人，马新贻刚一到任就以雷霆之势裁撤数万湘军，但裁下的湘军官兵并未回湘，而是演变为地方黑恶势力，与官府勾结，无恶不作。
马新贻则任命以剽悍著称的袁保庆（袁世凯的叔父）为营务处总管，一经发现这些散兵游勇*扰百姓，为非作歹，立即就地正法。
同时马新贻又训练新兵两千五百人，严厉打击滋事犯法者，故湘军旧部对马新贻恨之入骨。
对于两江发生的一切，远在直隶的曾国藩洞若观火，却未采取任何行动，而慈禧对马新贻的行动自然满意。
然而千算万算没想到，马新贻竟然在自己家门口被刺*身亡，就在朝廷愕然之时，江苏巡抚丁日昌已在马新贻被*的当天抵达天津，与曾国藩密谈一天，所谈事宜外人无从知晓。
不久“刺马案”戏文在两江地区上演，当时正值乡试，安徽学政殷兆镛出试题，竟然寓其讥讽，很快马新贻就被宣传成了荼毒百姓、贪财好色的小人形象。
满清中央政权与江南汉族地主集团的妥协“刺马案”发生不久后，清廷发出上谕，命江宁将军魁玉、布政使梅启照及漕运总督张之万会同审讯。
经查明，刺客名叫张汶祥，原是太平军将士，后转投湘军，对刺马一案供认不讳，但行刺动机始终坚持仅是个人私仇，无任何幕后主使。
会审三人中，魁玉为满洲镶红旗人，其余二人也无湘军背景，慈禧的用意就是想查清此案，打击湘军汉族地主集团，但结果却事与愿违。
几天后，三人借口案情重大，拖拉时日，也不对刺客用刑，不久上奏:
“张汶祥矢口不移其供，只是因私对马心怀愤恨，为同伙报仇，为自己泄愤，无另有主使各情，尚属可信。”
建议以此拟定罪名结案。慈禧当然不相信三人的奏疏，只是她没想到曾国藩和湘军的势力竟如此之大。
虽然满洲贵族集团仍是大清帝国的统治者，但八旗、绿营已不堪用，维系帝国统治的军事力量掌握在以曾国藩、李鸿章、左宗棠等江南汉族地主手中。
通过这几番角逐，慈禧心知动不得曾国藩分毫，眼下两江地区人心惶惶，为了不激起兵变，动摇清王朝统治，慈禧只能退让，调曾国藩回南京坐镇。
但曾国藩却上奏以病体请求开缺养病，以试探慈禧，慈禧心知肚明，当即下发不予批准的谕令，曾国藩这才拖延近三个月前去接任。
临行前，曾国藩觐见慈禧，这也是两人最后一次谈话。
慈禧:马新贻这事岂不甚奇。
曾国藩:是很奇怪。
慈禧:马新贻办事很好。
曾国藩:马新贻办事和平精细。
简短的两句的对话却交代了慈禧对曾国藩等江南地方势力的妥协。
之后，慈禧命曾国藩审理此案，意图大事化小，同时加派刑部尚书郑敦谨为钦差大臣，携带刑部两名郎中（即满人郎中伊勒通阿、汉人郎中颜士璋）一同复审。
郑敦谨素有铁面无私之称，慈禧想以此掣肘，防止节外生枝。
复审中，张汶祥并不改口，曾国藩坐在一旁只听不言，蒙在鼓里的郑敦谨满腹疑惑，还私下问曾国藩有何看法，曾国藩淡淡地说:
“看来只好照魁、张原奏之法奏结此案。”
一同参审的江苏候补道、马新贻心腹孙衣言按捺不住，愤然质问郑敦谨:
“背后主谋倘若能逍遥法外，天下将无畏惧之心，有何事而不为？”
此言一出，顿时捅穿了最后一层窗户纸，原本还在窃窃私语的大小官员都不敢出声了，现场一片寂静。
郑敦谨这才恍然顿悟，明白此案不能再深究，一旦查出牵扯后台之人，不仅不能做出了解，甚至会让自己身陷囹圄。
