清朝的兵部尚书属于从一品高官，按照规定，兵部负责武器装备采购、武官升迁和调动、作战预案策划、后勤补给保障等等，任务非常复杂。各个地区的部队调动，都必须通过兵部。文官们可以对兵部爱答不理，但武官们根本不敢。按照规定，兵部的武选司直接负责武官的任免和选拔。一般来说，兵部有权力直接任免参将以下的中低级武官。
至于副将、总兵、提督等中高级武官，兵部自己做不了主。也许大家发现了，兵部没有直接管理各地部队的管理，而是直接间接管理将领。这就是明清两朝的模式，把部队的调兵权、管理权彻底分开，起到相互牵制的作用。兵部尚书和九门提督都是从一品官员，属于平级。从实际权力来说，兵部尚书奈何不了九门提督，而九门提督也压不过兵部尚书。因为，二者本身就属于两个系统。
不过，清朝的九门提督一般都是皇室宗亲、皇亲国戚、满蒙亲贵担任，在皇帝心中的地位比较高。有的时候，皇帝会任命心腹重臣兼任九门提督。例如乾隆朝的宠臣和珅，除了九门提督之外，和珅还兼任了大大小小40多个职务。所以，从九门提督和兵部尚书两个岗位来说，属于平级。但如果加上帝王心术、兼任岗位等因素，九门提督则会高于兵部尚书。
还有一个问题，九门提督管理了超过3万部队，万一九门提督想造反，皇帝怎么办呢？不用担心，九门提督下辖的3万多部队，属于京城的治安警戒部队。在京城周边各地，还总计驻扎了将近6万的八旗军，而且属于清朝的精锐机动力量，也被称为京营八旗。九门提督下辖的3万多部队，与将近6万的京营八旗，起到了相互牵制的作用。
无论是谁有不臣之心，都不可能成功。康熙皇帝在位的末期，皇四子胤禛，之所以能够顺利登基。就是依靠隆科多和弟弟胤祥。隆科多担任九门提督，控制了步军营和巡捕五营。老十三胤祥控制了京营八旗，雍正皇帝胤禛登基之前，自己则兼任了领侍卫内大臣。换而言之，京城从外围到皇宫的3层武装力量，都是胤禛的控制之下。老八胤祀等人，即便是想反抗，也根本没有这个能力。
