女孩玛丽原本和父母一起居住在印度，但一场霍乱彻底打乱了他们的生活。霍乱带走了许多人的生命，也带走了玛丽的父母，使玛丽成了一个孤儿。迫不得已，玛丽只好前往英国的叔叔家。刚到那里时，由于生活习惯的改变，玛丽有些不适应。不久之后她听说了秘密花园的事儿。
所谓秘密花园，其实也就是玛丽叔叔的妻子生前居住的花园。 玛丽的婶子妻子早年因病而死，悲痛欲绝的叔叔便将花园锁了起来，将钥匙埋进了土里。
一天，玛丽偶然地发现了一把钥匙，她想打开花园的门。后来，她看见了一个男孩，男孩吹奏着音乐，小动物们都围在他身边听。玛丽要求那个男孩和她一起进入秘密花园，而那个男孩儿帮助玛丽修剪了秘密花园。
这一天晚上，玛丽又遇见了一个男孩，那个男孩正在哭，他总是说他快要死了，他说他的背上有一个硬块，但经过玛丽看后，那里却并没有硬块。他说他是玛丽叔叔的儿子，但是他的爸爸并不经常管他，因为在这个男孩出生时，他的妈妈就死了，他的爸爸认为这是男孩的错。
玛丽又说出了秘密花园的事，这引起男孩的好奇，他希望去看一看这个花园。后来玛丽推着轮椅带他进入了花园，那个男孩也在那儿。他们三个每天都在园子里嬉戏打闹，并且一起照顾着花园。后来在不知不觉间那个总是说自己快要死的男孩儿，竟然能走路了。等男孩的爸爸，也就是玛丽的叔叔，回来时他也被眼前的一幕震惊了，他本来以为之前那个秘密花园里面应该已经荒芜了，但却被这几个孩子打扮的美丽无比。他的儿子也重拾了信心，不再常常哭泣了。最后他们父子俩终于重归于好。
