图4:AAL模板
如图4展现的AAL模板,每一个颜色的区块代表一个不同的区域。不同颜色代表一个不同的数字。然后特定数字对应特定脑区。
图5:yeo的7网络模板(yeo是哪位啊?)
与其说上面的结构模板是按照大脑皮层沟沟回回来分割,功能模板(如图5)就是按照大脑功能区来划分的。我们如果要提取特定脑区的ROI,可以查表(如表1),然后经过一系列非常高端非常娴熟非常恐怖的操作(这就是我们高端职业玩家与普通玩家的区别之所在,普通玩家看看就行了,千万不要模仿,妄想达到我这个层次)可以得到的单独一个或几个脑区的二值模板。
NAME | ID | location in Free suffer | modified CMA short | Modified CMA | MNI | Lobe | Gyruss short | gyrus |
'SFG_L_7_1' | 1 | 'Superior Frontal Gyrus' | 'A8m' | 'medial area 8' | [-5,15,54] | 'Frontal Lobe' | 'SFG' | 'Superior Frontal Gyrus' |
'SFG_R_7_1' | 2 | 'Superior Frontal Gyrus' | 'A8m' | 'medial area 8' | [7,16,54] | 'Frontal Lobe' | 'SFG' | 'Superior Frontal Gyrus' |
'SFG_L_7_2' | 3 | 'Superior Frontal Gyrus' | 'A8dl' | 'dorsolateral area 8' | [-18,24,53] | 'Frontal Lobe' | 'SFG' | 'Superior Frontal Gyrus' |
'SFG_R_7_2' | 4 | 'Superior Frontal Gyrus' | 'A8dl' | 'dorsolateral area 8' | [22,26,51] | 'Frontal Lobe' | 'SFG' | 'Superior Frontal Gyrus' |
'SFG_L_7_3' | 5 | 'Superior Frontal Gyrus' | 'A9l' | 'lateral area 9' | [-11,49,40] | 'Frontal Lobe' | 'SFG' | 'Superior Frontal Gyrus' |
'SFG_R_7_3' | 6 | 'Superior Frontal Gyrus' | 'A9l' | 'lateral area 9' | [13,48,40] | 'Frontal Lobe' | 'SFG' | 'Superior Frontal Gyrus' |
…… | …… | …… | …… | …… | …… | …… | …… | …… |
表1:多值模板数值与脑区对应表
注:功能模板的制作与表格的来源可以参考这篇文献 The Human Brainnetome Atlas ANew Brain Atlas Based on Connectional Architecture
ref:YeoBT, Krienen FM, Sepulcre J, Sabuncu MR, Lashkari D, Hollinshead M, Roffman JL,Smoller JW, Zollei L., Polimeni JR, Fischl B, Liu H, Buckner RL. Theorganization of the human cerebral cortex estimated by intrinsic functionalconnectivity. J Neurophysiol 106(3):1125-65, 2011.
3)概率模板:
在定义什么是灰质,什么是白质的时候我们应该额外的小心。有时候灰质和白质的边界在MRI上面表现得并不是非灰即白。(要不然为什么freesurfer估计的表面与cat12估计的表面存在一定出入呢)在灰质与白质交界的地方存在一些模糊区域(就好像你我之间的感情剪不断理还乱,藕断丝连,难分难舍,正所谓敌中有我,我中有敌,敌敌我我,我我敌敌,无敌是多麽寂寞!我晕,跑题跑到天上去了,赶紧拉回来)。具体想把大脑灰白质中间这部分模糊区域分割成灰质还是白质需要自己定义。这就诞生了概率模板。
图6:灰质概率模板
图7:白质概率模板
看着图6灰质概率模板,然后看看最初我讲的灰质二值模板。是不是有几分类似?灰质的二值模板就是选取灰质概率大于某一个特定值制作成的。概率模板在spm预处理的空间标准化这一步中起到了关键性的作用。如果您想用儿童的数据就请在网上找找儿童的模板来进行空间标注化(哈哈,我知道在哪里找现成的儿童模板,这就是我这种非常NB,非常娴熟的高端职业玩家与普通玩家的区别,如果想要请关注皇家思影科技公众号并留言)。用成年人的模板虽然能够计算出差不多的结果。但是请注意:如果计算儿童数据用成人模板,很有可能被审稿人提问噢。(还提问啥,直接拒搞,一周拒,一天拒,啊,想起当年我陈村的哥们,投了篇给nature ,两小时拒,nature实在太社会了,真的是一点面子都不给啊)