总的来说，植物种子在发芽过程中其呼吸作用会经历4个阶段：
第一阶段开始时耗氧量明显增多，这可能与线粒体酶的激活和水合作用有关，这一过程涉及柠檬酸循环和电子传递，呼吸作用随着组织的水合程度而直线升高；
第二阶段的呼吸作用特点是氧的吸收趋于稳定或增加缓慢，呼吸作用处于滞后状态，种子中原来存在的酶在水合过程中被激活，酶的活性水平或线粒体数增加很少。
第三阶段是新合成的线粒体和呼吸酶活性增强，贮藏器官中的线粒体数量增加。
第四阶段是呼吸作用只发生于贮藏组织，并与贮藏物质耗尽后的衰老相一致。
这四个阶段的长短因不同的植物种类而存在非常大的差异，主要是由于吸水速度种皮透氧性和代谢速度不同所导致。同时外界环境条件也影响各过程的长短，比如说温度。
