因此当时哈尔滨有几千具尸体迟迟无法下葬。这就成为了新的传染源，然而如果要在暴尸一个多月后再行安葬，那么只怕埋尸工会百无一存。只有火化是最安全、最便捷、最有效的办法。中国人历来有入土为安的习俗，焚尸在当时绝对是要冒着被人戳脊梁骨的风险的。当焚尸的念头涌现在脑海时伍连德自己都被自己吓了一跳，当伍连德提出自己的想法时当地的地方官和参与防病的医务人员全都一致认可他的方案。
然而谁都不敢轻易下这个决心。伍连德鉴于疫情的紧急性上书朝廷要求以圣旨的名义强制推行焚尸工作，朝廷收到他的报告后也产生了极大的争议。三天后外务部紧急发来电报：准许伍医生之请，可依计划进行。宣统三年的大年初一中国大部分地区正在庆祝新春佳节，而哈尔滨城北的公共坟地上200名工人把100个棺木或尸体堆成一堆浇上煤油付之一炬。
2200多具尸体就这样灰飞烟灭了。因为焚烧死尸切断了鼠疫传播，从这一天开始道外区一直不断攀升的死亡人数竟然下跌了。焚尸工作进行到第二天时傅家甸的死亡人数从183名下降至165名，此后每日死亡人数日渐消减。1911年3月1日夜0时哈尔滨防疫局内所有人屏住呼吸等待这一时刻的到来。当时针指到午夜0时哈尔滨道外区的死亡人数为零，随后长春、奉天、铁岭……东北各个大城市纷纷传来捷报。
百年前的这场东北鼠疫就这样渐渐成为历史，然而它的余音却并未终结。1911年丰天防疫总局编撰了《东三省疫事报告书》。这份报告书所统计的死亡人数为50927人，加上日、俄控制区和关内的死者迄今为止最准确的死难统计数字是60468人。这场浩劫之后鼠疫仍在东北局部地区时不时会小规模爆发，为此伍连德在关外逗留多年。这场浩劫也留下了诸多遗产：中国近现代最早的防疫检疫机制就由此确立。
