徐霞客手稿由好友季梦良整理出版，在仅存的残书中，我们看到徐霞客的游历不单纯是为了寻访古迹，更重要的是探寻大自然的奥秘。在山脉、地理、水流、地貌等方面都取得了重要的成就。
战国地理书《禹贡》中记载“岷江导江”，意思是长江的发源地在岷江，徐霞客对此带有疑问，他“北历三秦，南极五岭，西出石门金沙”，最终探得金沙江发源于昆仑山南麓，比岷江长一千多里，由此断定长江的源头在金沙江。直到1978年，国家考察队才确认长江的源头在唐古拉山的主峰格拉丹冬的沱沱河。
徐霞客游历广西、云贵时，对石灰岩地貌作了详细考察，没有仪器，没有参考，徐霞客凭借自己的一双腿，考察了近百个石灰岩洞，结果考察记录的数据和今天科考队数据长差无几，更比欧洲考察队伍早了一个多世纪。
