其次是移民问题。三峡大坝修建会淹没沿岸大片土地，出现百余万移民。移民的安置费用不菲，还容易出现移民矛盾。中国人大多安土重迁，对故土十分眷恋，即便去世了都有“落叶归根”的想法。
如何让他们愿意接受离开家园就是一个很大的难题，况且，如此大体量的移民安置到哪里也是一个棘手的问题，稍有不慎就会动摇国本。
除此之外，文物保护、对地质和气候的影响也在专家们的担忧范围之内。
解决对策尽管争议重重，这一项事关亿万百姓福祉的工程还是启动了。
1994年，三峡工程正式开工，2006年5月竣工。20年11月，三峡工程完成整体竣工验收全部程序。到今天，这一从提出到完工历经了几十年的工程已经运行了十几年。
从各方面来看，三峡工程给我国带来了巨大的效益，当时专家们顾虑的问题，国家也采取了也想了各种办法解决并取得了良好的效果。
对于泥沙问题，设计师们采取了多重措施对流入大坝的泥沙进行监测和保证清洁效果，因而三峡工程造成的泥沙淤积比当初预计好很多，流入三峡大坝的泥沙不到当初预估的一半，甚至因水流过清产生了一些新的问题。
不仅没有因此造成航运堵塞，反而之前在枯水期经常会出现的阻滞航运现象基本没有再出现过，让无数巨轮在长江畅通无阻，从此长江天堑变通途。
在军事安全上，三峡大坝修建时就是以能够抵御地方的小型核弹攻击的标准执行建设的，能够依靠自身的强度以及重量抵抗水流的冲击，一般性的攻击无法摧毁大坝。
而且三峡处于我国的重要战略位置，拥有广阔的战略纵深，雷达和无数的防空导弹严阵以待，护卫着三大大坝的安全。
在移民安置问题上，国家也做出了考量。1997年，重庆脱离四川，成为直辖市，直接受中央管理。
成为直辖市的重庆承担了接受大部分三峡移民的任务，国家投入巨资支持重庆的发展，对移民妥善地进行了安置。
同时，在流域内采取了一系列措施对地质以及生态环境进行监控，对可能出现的生态问题采取了相应的解决和补救措施。
