它与邻近美拉尼西亚的关系则是有明确的界线，可以从卫吉岛（Waigeo，位于印尼西巴布亚省）以西一路往下划到阿鲁群岛（Aru，印尼马鲁古省的一部分）以东。然而如果仔细探究，美拉尼西亚与岛屿东南亚的边界其实比Dumont d'Urville的认知还要模糊。
从生物地理来谈，两者的区隔大致可以用古巽他与莎湖大陆之间的华莱士线来划分，但这条线附近岛群自史前以来即同时受着亚洲和新几内亚岛块的生态环境与社会文化力量的影响，特别是摩鹿加群岛、帝汶岛、阿鲁群岛等地方都包含了来自东西两边从体质到语言不同程度的纷杂元素，也使得Dumont d'Urville所勾勒的美拉尼西亚有了溢入岛屿东南亚的可能性。
到了当代的地缘政治情境中，这种暧昧性有着十足的操作空间。印尼能够凭借着其东方省份的美拉尼西亚元素参与太平洋美拉尼西亚区域的活动，像是美拉尼西亚先锋集团会议以及4年一度的美拉尼西亚艺术文化祭，甚至在2015年自己在东努沙登加拉省主办了一场“美拉尼西亚祭典”。这也成为2019年印尼“太平洋抬升计划”（Pacific Elevation）外交政策的重要基础。
但这也是一本双面刃，例如于2002年正式脱离印尼独立的东帝汶，其国族主义的建构中即包含着强调与印尼有别的美拉尼西亚认同。
