然而西伯利亚铁路却有一个大缺点。它是一条单向铁路，也就是说，它不能同时双向行驶，只能等待一个方向的列车行驶完之后，另一个方向的列车才能出发。在1904到1905年的日俄战争，正是因为它的这一缺点导致了俄罗斯在战争中的失败。
因为列车无法源源不断地往返前线，一方面俄罗斯要从西向东运送物资、人员和弹药，另一方面又要从东向西运送部队以及受伤人员。在俄罗斯人在等待后方的部队和补给时，日本人已经获得了胜利。
如今的西伯利亚线仍然是俄罗斯最重要的交通枢纽。俄罗斯约有30％的出口产品是依靠它运输的。它吸引了许多外国游客，但它的大部分的乘客仍然是国内乘客。如今，西伯利亚大铁路每年向欧洲运送约20万个集装箱。俄罗斯铁路公司还计划至少让集装箱运输量增加一倍。
一开始火车每天行驶约900公里，最高运行速度为80 km / h。然而，在2015年初，俄罗斯铁路宣布了一项雄心勃勃的“七天跨西伯利亚”计划。根据这一计划，未来五年将投资110亿美元，至少在某些路段将货运列车的速度提高到90公里/小时，最终提高到100公里/小时。在这样速度下，货物列车每天可以覆盖1500公里。
但是在加快国际贸易运输商，最复杂的一个问题是，是俄罗斯的铁路规格与中国和西欧及中欧的标准规格不相符。 因此，从中国到西欧的火车将遭遇两次断裂，第一次是在中蒙边境或中俄边境（可以从中国直接到俄罗斯，或者从中国通过蒙古再到俄罗斯），第二次是俄罗斯与乌克兰或者俄罗斯与白俄罗斯边境。
