曾被日军俘虏的琉球国王尚宁
而得到报告的郑迵不得不放弃那霸港，率军前往首里城外的太平桥阻击日军。但琉球陆军的战斗力和日本还是有比较大的差距，很快太平桥失守，郑迵被迫率军退守琉球华人的大本营久米村。在这里，郑迵又指挥久米民兵与日军激战了三个昼夜，但最终还是在突围前往首里营救琉球王室的过程中被日军俘虏。
不久之后，首里城也被日军攻占，琉球国王尚宁也被日军俘虏。之后，郑迵和尚宁一同被日军押往日本鹿儿岛关押。而在被关押期间，郑迵还曾借机通过还一名长崎商人把自己的一封信件带到了中国，请求明廷出兵救援琉球。但日本人对于琉球向明廷求救也非常警惕，在占领琉球之后不久，也让自己在琉球扶植的傀儡向明朝派出了一个使团。结果这名长崎商人在中国赶赴北京的路上竟然遭遇了琉球傀儡使团，最终他把信高价卖给了琉球使团，使得郑迵最后的努力也宣告失败。
位于那霸的郑迵纪念碑
此后，郑迵始终拒绝日本人的劝降，并态度坚决地阻止琉球国王尚宁与日本人签署不平等条约，使琉球成为萨摩藩的属国。最终郑迵的态度惹怒了萨摩藩藩主岛津忠恒，被其下令*害。而有些记载甚至显示，郑迵最后是以烹刑这种极其残忍的方式被*害的。
日本占领下久米华人的坚持而在郑迵死后，萨摩藩基本掌控了琉球的局势。他们很快在琉球设立了在藩奉行和大和横目两个机构，对琉球展开了准殖民统治。不过日本人占领琉球的目的就是通过琉球与中国进行贸易，所以在此之后，琉球仍然保持了对中国明清两朝称臣的地位。随后的200多年也就成为了琉球的“两属”时期，即同时对中国和日本萨摩藩称臣。
清朝赐给琉球的国玺
但明朝也很快知道了萨摩藩控制琉球的情况，所以也很快将与琉球的贸易降格。在此之后，凭借中琉亲密关系而兴盛的久米村也出现了一定的衰败。但因为久米村的华人对于琉球维持与中国的贸易具有特殊的重要性，所以琉球王室很快介入，让一些琉球当地人入籍久米村，采纳久米村的华人习俗，维持了久米村的规模。
而在日本人控制琉球之后，日本文化也开始在大量传入琉球。但久米村内仍然持续禁止传播日本文化，当地华人长期拒绝穿和服，并禁止说日语，其中华传统和华人身份一直得到了相当程度的保留。
中国古画里的琉球人形象
但在日本明治维新之后，迅速加快了吞并琉球的步伐。公元1879年，日本正式撤消了琉球王国，将其改为冲绳县。而在此前后，末代琉球国王尚泰曾经派密使到中国请求清朝援助，其使团中就包括出身于久米村的蔡大鼎和林世功等华裔人员。而琉球使团抵达中国之后，曾31次向清廷递交请愿书，请求清廷帮助琉球复国。但清廷与日本就琉球问题的谈判后来陷入僵局，出身于久米村的华裔林世功最终则自刎殉国（相关内容桃花石杂谈其它文章有详细介绍）。
而日本在吞并琉球之后，迅速向当地派遣了“冲绳县长”，开始建立直接统治。但当时琉球百官在其末代三司官毛凤来和毛允良（均为琉球人，非华裔）带领下拒绝与日本人合作，而是自发集结在琉球王世子的忠诚御殿内对琉球进行管理。同时久米村华裔在其末代总理阮宣诏的带领下也与日本人展开了抗争。但在当年8月，日本人开始武力镇压，毛允良等大量官员被日本人逮捕并遭到严刑拷打，不久后死去。而毛凤来则流亡中国，在公元1890年在福州病逝。
