布达拉宫
由于没有外界强大势力的干涉，吐蕃的内部的政权也在发生自发的更替。1510年，帕竹王朝的第10执政者阿旺札西札巴即位，由于他才年幼不能执政，其实权掌握在仁蚌巴·错结多吉喜手中。此后，仁蚌巴王朝就取代了帕竹王朝，成为了乌思藏地区的统治者。到了16世纪中叶，辛厦巴推翻了仁蚌巴，建立了藏巴汗王朝。在阿里方面，古格王国和拉达克王国各自经历长期的繁荣后，开始出现了战争。1633年，拉达克王国吞并了古格王国。在青海，在明朝中期，卫拉特蒙古之一的和硕特部进入了青海，建立了和硕特汗国。1642年，和硕特汗国灭乌思藏的藏巴汗王朝，统一了青藏高原。这也宣布吐蕃政权的最终结束。
1700年，康熙出兵攻打康定地区，将康区划入了四川省。1717年，准噶尔汗国派遣军队进入了青藏高原，灭和硕特汗国。随后，清朝康熙皇帝命令清朝军队进入卫藏驱逐了准噶尔的军队，从而控制了整个青藏高原。1723年，和硕特部顾实汗之孙罗卜藏丹津在青海叛乱，被清军平定。1724年，雍正在青海设置西宁办事大臣。1728年，雍正又设置驻藏大臣。拉达克王国在明清之际卷入了和不丹、藏巴汗的战争，消耗了国力。当清朝进入西藏后，达拉克宣布臣服于清朝，其地纳入《大清一统志》。
清朝全图
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