洪门因势力低微，屡遭清廷驱逐，后不得已，多处建立分会，用以保存血脉
内地则改为社团及宗教信仰的集体组织，如‘天地会’‘白莲教’等
天地会成立时间：1761年
清初，台湾沦陷初期。福建沿海地区，人民生活困难，于是民众自发地组成自助会社天地会。至乾隆二十六年（1761年），由福建漳州人洪二和尚 万提喜（云龙和尚）带领。及后演变成反地方政府组织，加入反清情绪。天地会之会簿加入改编自洪门之历史，成为人民反政府之口实。
入会时以母指为天，以小指为地，或左手伸三指按住胸膛。
加入天地会，遇婚姻丧葬，可以资助钱财：与人打架，可以相帮出力；若遇抢劫，一闻暗号，便不相犯；辗转传会，可以得到钱财。
白莲教活跃时间：1795-1804
早期的白莲教崇奉阿弥陀佛，提倡念佛持戒，规定信徒不*生、不偷盗、不邪淫、不妄语、不饮酒。它号召信徒敬奉祖先，是一种半僧半俗的秘密团体。
它的教义简单，经卷比较通俗易懂。为下层人民所接受，所以常被利用做组织人民反抗压迫的工具。在元、明两代，白莲教曾多次组织农民起义。
流传到清初，又发展成为反清秘密组织，虽遭到清政府的多次血腥镇压，但到了嘉庆元年（1796），白莲教大起义已发展成嘉庆年间规模最大的一次起义
