不同种类的益生菌发挥着各自不同的功能，益生菌现在大致可以分为三类，也就是传统的益生乳酸菌、非乳酸益生菌以及下一代益生菌。
那么“乳酸菌”这个概念，其实它不是一个非常严格的生物学分类名词。它是指这么一类微生物，它们可以利用糖产生乳酸，但是不产芽孢，同时又是革兰氏染色阳性的这么一类细菌。
传统的益生乳酸菌——也就是我们现在见得最多的这类益生菌，它主要分布于食品，人体的消化道、生殖道以及我们的体表。
那么在这些传统的益生乳酸菌中间，乳杆菌又是其中的“种”数最多的一个“属”。
传统意义上的乳酸菌，它包括乳杆菌、双歧杆菌、乳球菌、片球菌、链球菌以及肠球菌等等。但这其中，乳杆菌就包括了噬酸乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、干酪、副干酪和发酵等十几种乳杆菌。
而在双歧杆菌里面呢，我们现在常用的传统的益生乳酸菌主要包括六种，分别是两歧双歧杆菌、动物双歧杆菌乳酸亚种、长双岐杆菌长亚种、长双岐杆菌婴儿亚种、短双歧杆菌以及青春双歧杆菌。
那么除了传统的益生乳酸菌以外，另一类非乳酸菌益生菌，相对它的研究就比较少。它主要是基于自古以来人们的饮食传统以及对其安全性和功能的长期论证，确认这一类微生物对人体也有益生功能。
这一类主要包括可以缓解急性腹泻、炎症性肠病的布拉迪酵母；可以缓解急性和慢性腹泻、慢性的便秘、腹胀以及消化困难的凝结芽孢杆菌；还有可以起到免疫调节作用、预防肿瘤的丁酸梭菌等等。
还有在我们人体里面起着特殊功效的这么一类非常难培养的微生物。因为它非常难培养，所以它的前期的研究很少，但是近几年的研究已经证明，这一类菌具有非常大的益生潜力，我们称它为“下一代益生菌”，像阿克曼氏菌、脆弱拟杆菌、柔嫩梭菌等等。
那么随着益生菌的益生功能被人们越来越多地揭示，现在人们认为益生菌的益生功能已经涉及到我们人体的各个角落。
在2011年，世界胃肠病学组织颁布的《益生菌证据等级全球概况汇总》里面，把益生菌的益生功能大致分成了四类。
其中第一类是指具有非常强有力的证据支持的这么一类，包括治疗急性腹泻、抗生素相关的腹泻和便秘，预防儿童和青少年因为牛奶引起的食物过敏。
第二类是指现有大量且有效证据支持“益生菌具有某种功能”，这些功能包括特异性的湿疹和旅行性腹泻。
第三类是现有的文献，包括实验已经显示其有治疗前景，包括儿童的呼吸道感染、牙周炎、鼻部的病原体的拮抗，包括抗生素治疗导致的艰难梭菌感染、肠炎复发以及炎性肠病等等。
那么最后是指未来它具有潜在应用价值的这么一类益生菌。这类益生菌所涉及到的疾病主要是类风湿性关节炎、肠易激综合征、结肠癌、膀胱癌、酒精引起的肝病、糖尿病和排异反应等等。
当然大家看，上图是2011年这样一个汇总，其实到现在2019年，将近十年的研究，现在越来越多的益生菌功能被证实，其实我们发现益生菌还有很多我们曾经没有想象到的益生作用。
那么说到益生菌，我们就不得不提到肠道微生物。
在我们的肠道里面，肠道微生物总量与人体自身的细胞总数是相当的，也正是因为有了益生菌跟我们肠道微生物的互作，才使得益生菌能够缓解我们身体的一些疾病的发生和发展。
现在普遍认为肠道微生物与我们大部分的慢性疾病都存在关联。
