微生物的分层还与水流有关，中温水体中的微生物数量比低温水体中多，深层水体中的厌氧微生物多，表层水体中的好氧微生物较多。
(2)海水中的微生物分层
在近海和接近海底淤泥层的海水中菌数较多，远离海岸菌数较少。在海湾的海水中，细菌数约为105个/mL，远洋的海水中只有12-250个/mL。由于阳光入射水体的浓度可达10～100个/mL。其垂直分布也不均匀，表层0～10m较少，10～50m随深度的增加而增加。但在50m以下，微生物的数量随着深度增加而减少。
在接近海底沉积物的深水，微生物的数量增多。海洋细菌多为革兰氏阴性，具有鞭毛和色素，常见的有假单胞菌属、弧菌属、黄杆菌属、生丝微菌属和微环菌属等。海底主要有严格厌氧的脱硫弧菌属和甲烷菌等。
二、水产养殖的水体分层现象
1.水深的水体更容易出现水体分层
白天表层水体温度比较高，但底层水的温度比表层水的温度低好几度，但是，夜晚表层水体热量不断向外散发，到黎明表层水温又比底层水温低，表层水的密度比底层水稍大形成一定规模的密度流，特别是在气压变化频繁风向多变的晴朗日子比较容易出现“反底”而造成水体分层。
2.投喂饲料过多的虾塘水体容易出现分层
饲料含有大量的蛋白质，投料过多，残饵不断积累在底部，经过微生物参与的一系列的生化反应，水体分层造成底部积累较多有毒有害气体，各气体分压大于表层分压，在天气突变时容易反底，危害养殖动物。
3.用活菌制剂过多的水体容易出现分层
