关于子午
“ 子午”一词首见于《灵枢·卫气行》：“岁有十二月，日有十二辰，子午为经，卯酉为纬。”“经”最初的意思是：纺织机上等列布设的纵向的绷紧的丝线。后用来表示地理学上假定的地球表面上通过两极并与赤道垂直的线。“纬”：织布时用梭穿织的横纱，编织物的横线。后用来表示地理学上指在地面上的与赤道平行的线。
《灵枢·阴阳系日月》中阐明了地支与十二月份相配，其中子为十一月，午为五月。采用正月建寅的夏历建月。“夏至一阴生，冬至一阳生”，夏至正处于午月，冬至处于子月，所以，可知子午是划分阴阳的两个关键时段。
明·徐风的《针灸大全》时始对“子午”一词进行解释：“何以子午言之？曰：子时一刻，乃一阳之生，至午时一刻，乃一阴之生。故以子午分之，而得乎中也。”可见，徐风认为用“子午”划分一天的时间，得乎中。子午两个时辰是一天中最重要的。
后世医家多采用徐风的说法。“子”为阴气最盛将转阳之时，“午”为阳气最盛将转阴之时，“子午”是指一年十二月、一日十二时辰的阴阳之气的盛衰变化。
关于流注
《子午流注针经》中对“流注”的解释：“流者行也；注者住也。盖流者要知经脉之行流也；注者谓十二经脉各至本时，皆有虚实邪正之气，注于所括之穴也。夫得时谓之开，失时谓之合。”明确指出了，“流”是指经脉的循行如水之流，“注”是指至某时刻经脉的气血注于穴位。
关于纳甲
《周易参同契》以震、兑、乾、巽、艮、坤六卦表示一月中阴阳的消长，甲、乙、丙、丁、戊、己、庚、辛、壬、癸十干表示一月中的日月地位。
如震表示初三日的新月，受一阳之光，昏见于西方庚地；
兑表示初八日的上弦月，受二阳之光，昏见于南方丁地；
乾表示十五日的望月，受三阳之光，昏见于东方甲地。这叫做望前三候，象征阳息阴消。
巽表示十六日的月象由圆而缺，始生一阴，平旦没于西方辛地；
艮表示二十三日的下弦月，复生一阴，平旦没于南方丙地；
坤表示三十日的晦月，全变三阴，伏于东北。这叫做望后三候，象征阳消阴息。
坎离二卦配戊己，居中央代表日月本位，在丹道上则代表药物，这是较为通行的“纳甲法”
明代刘纯所著的《医经小学》首提“纳甲”一词。至民国时期 , 南通徐卓在其著作《子午流注》中始称“子午流注纳甲法”概念, 书中说:“子午流注分十二经纳甲及纳子二法, 纳甲主日, 纳子主时。狭义子午流注专就纳甲而论, 广义子午流注则兼纳子而言。”至此, 子午流注始分为纳子法和纳甲法。
关于天干地支
古人用天干地支纪时。天干10个: 甲、乙、丙、丁、戊、己、庚、辛、壬、癸。自甲始，至癸终。甲属阳，乙属阴，丙属阳„癸属阴。
地支12个: 子、丑、寅、卯、辰、已、午、未、申、酉、戌、亥。自子始，至亥终。子属阳，丑属阴，寅属阳„戌属阳，亥属阴。
古人将把天干和地支阴与阴、阳与阳两两相配, 从甲与子相配始，配成“甲子”，乙与丑配成为“乙丑”„癸与酉配成“癸酉”，至此十干轮完，再从甲始，甲与戌配成“甲戌”，乙与亥配成“乙亥”，如此循环, 在取到“癸亥”时, 若再取则又为“甲子”。这样, 从“甲子”到“癸亥”, 天干轮了5次, 地支轮了6次, 共有60对, 称为“六十甲子”。六十甲子用来作为纪年、纪月、纪日的代号, 循环使用, 从不间断, 叫作“干支纪法”它是我国古代历法中的一项重大发明和创造。
天干地支相配，于是产生了用六十甲子来循环记述一昼夜的时间段的方式。从甲子日起, 自甲子时起，依次乙丑时，丙寅时„乙亥时，次日乙丑日从丙子时起，至丁丑时„依次循环，至第5日戊辰日干支纪时至癸亥终。
《内经》 关于子午流注及纳甲法的理论基础
《内经》中记载的营卫之气、经脉的循行与时间的关系及规律特点，与子午流注的来源关系更密切。《灵枢·经脉》中详细记录了经脉的循行：由手太阴肺经起，至手阳明大肠经，再至足阳明胃经→足太阴脾经→手少阴心经→手太阳小肠经→足太阳膀胱经→足少阴肾经→手厥阴心包经→手少阳三焦经→足少阳胆经，至足厥阴肝经终，再从手太阴肺经始，如是循环不已。
《灵枢·营气》中述：“气从太阴出，注手阳明，上行注足阳明，下行至跗上，注大指间，与太阴合，上行抵髀。从脾注心中，循手少阴出腋下臂„合足厥阴，上行至肝，从肝上注肺，上循喉咙，入颃颡之窍，究于蓄门。其支别者，上额循巅下项中，循脊入骶，是督脉也，络阴器，上过毛中，入脐中，上循腹里，入缺盆，下注肺中，复出太阴。此营气之所行也，逆顺之常也。”
卫气的循行，并不如营气的循行那么规律：《灵枢·营卫生会》中说：“卫气行于阴二十五度，行于阳二十五度，分为昼夜，故气至阳而起，至阴而止„夜半而大会，万民皆卧，命曰合阴，平旦阴尽而阳受气，如是无已，与天地同纪。”
“卫气之在于身也，上下往来不以期”，所以要“候气而刺之”，“谨候其时，病可与期，失时反候者，百病不治”，“故曰：刺实者，刺其来也，刺虚者，刺其去也。此言气存亡之时，以候虚实而刺之，是故谨候气之所在而刺之，是谓逢时。在于三阳，必候其气在于阳而刺之，病在于三阴，必候其气在阴分而刺之。”
关于五腧穴
《难经》中提出了：“所出为井，所流为荥，所注为俞，所行为经，所入为合。”的概念。并且给出了五输穴的使用法则：“井主心下满，荥主身热，俞主体重节痛，经主喘咳寒热，合主逆气而泄。此五脏六腑井荥俞经合所主病也。”
