主枝上配备侧枝，这是第二年即第二次修剪的目的。一般多采取中截的方法。根据多年的经验，一般在修剪时，剪去当年生长量的1/3，留合适芽做延长头的发展方向。下剪时在芽上一公分左右下剪，这样，剪口养分消耗不影响顶芽生长。如果离芽太近或是斜口，会导致第一芽生长缓慢，第二个芽生长超过第一个芽，达不到咱预期目的。
现实中，常出现下枝强旺，主头弱化现象，这在修剪中就要换头。为不出现换头现象，我们一般抹去第二，第三个芽，这两个芽基本都是主头芽的竞争芽或并列芽，影响顶芽的领导地位。一般留第四或第五个芽作为侧枝，这样长出的枝才会长幼有序，主次有别。这都是在春季管理中必须做的工作。
包括四月的抹芽，六月份的轻摘心（摘去生命芽即0.5厘米），这样都可以达到事半功倍的效果。因为这个摘心点很重要，来年下剪就在摘心点上下。这个摘心点也叫盲点，他上部一至二个芽多为营养芽，在他上边下剪，促使顶部继续向外拓展空间。若空间不足，就在盲点下部下剪，盲点下边多为混合芽，长出来的枝多为结果枝。
有的椒农对前期摘心管理不当或不摘心，导致枝条旺长，会出现两米或更长枝条，遇住这样情况，就需要在所需侧枝部位进行刻芽处理，在芽体上边用刀具断皮至木制部，促使芽体发枝，如果发的枝上有花椒，及时摘掉，促使其继续延伸扩展，长到一定程度即60—80公分左右轻摘心，促进芽体营养积累，利于成花结果。
水肥好的地摘心会出现双头或多头，最好是留一个头。一般第一侧枝都在主枝的同一方向，幼龄树在这期间主枝上可以多留一至两个辅养侧枝，以加大幼龄期结果面积，使其早日进入盛果期。但是自己一定要心中有数。侧枝一般角度低于主枝，方向顺应主枝大方向，这就是经常讲的“错位拉枝”，拉枝时绳子拉在侧枝上，以侧枝把主枝往下带。增大结果面积和通透性，为丰产打好基础。
第三年即第三次修剪，一定要注意三大主枝的强弱，是否可以达到引领作用？这次修剪，是对上年修剪进行修正，再就是根据株行距空间配备第二侧枝。修剪前常会出现下面几种情况：
1、理想型。就是主枝强旺，侧枝微弱，主次有别。这就是我们去年修剪要的效果。这次在修剪时，主枝修剪量在当年生长量的1/2左右处下剪，侧枝在1/3处修剪。和第二次修剪一样，抹除剪口下的二三竞争芽。
2、喧宾夺主型。这就是侧枝强于主枝，使主枝弱化。遇到这种情况，有两种处理方法，一是换头，让侧枝做主枝，原主枝做侧枝或做辅养侧枝；另一种方法就是铲除强旺侧枝，搭斜口利用基部下封闭芽重新发枝做侧枝。
3、主侧枝弱化现象。修剪过轻或树势弱导致剪口下出来的全部是结果枝组。这样有两种处理方法，一种是来年摘除主头椒花或椒朵，促使其长出果枝副稍做头，主侧枝都可用这种方法！还有一种方法就是铲除主侧枝部位结果枝组，使其基部封闭芽重新萌生新枝条做主侧枝。
4、有主头无侧枝。主枝修剪按正常修剪方法修剪，侧枝利用铲除枝组重新萌发。
