但是在朝廷的边疆地区，尤其是常常在北方与北元朝廷的残余势力发生战争，明朝皇帝为防备随时可能爆发的边界战争，特意指派军队中有威望的将领出任统辖边关重兵的总兵和副总兵之职，皇帝这样做也是为了方便协调调动军队，总兵是中央委派镇守地方的高级武官。
明朝政府设置的21个都司，放到现在可以理解为明朝在各地驻守的21个军级编制单位，其下属的每个卫所就相当于现在是一个师或旅、团的军队编制，卫所下属的每个千户所就相当于是现在军改后的一个合成营的兵力。在千户所下面还设有百户所、总旗和小旗这样的军事编制，就相当于合成营下面的连、排、班一样的编制，你理解了吗？
地方都司总兵加卫所制度在明朝初期只是临时的应急措施，总兵一职也并无品级。如果战事发生，总兵申请皇帝的信印率兵出战，待战争结束后回朝向皇帝交还印符即可。明朝中后期总兵一职渐渐成为边境上的朝廷派驻常任武官，就算是在稳定的内地不少地区也有设置总兵一职，慢慢的总兵一职就成为明朝军事系统中的常规编制。那时候明朝总兵的权力是很大的，属于明朝的军队高级将领，就算全国加起来也不过二十人左右，用今天的话说，明朝总兵这一职位相当于现在的新疆军区司令员兼政委。这些总兵中比较出名的如戚继光总兵在抗倭战争中屡建奇功，后来朝廷让他镇守蓟州、永平、山海等地，著有《练兵实纪》一部兵书，是明朝那个时代的著名军事专家。
