元朝版图
在边缘地区，又设各级土司机构。另外，元朝设宣政院总管吐蕃，并在其下设置甘思（西康）、 朵思麻（在青海，又称为吐蕃宜慰司）和乌思藏三个宣慰司。这是中国中央王朝在青藏设置机构进行了实际上的管辖。另外，元朝还在缅甸建立了大量的土司机构，一度设置了缅中行省。在朝鲜也一度设立征东行省。元朝也有类似于汉唐都护府的军事据点，就在黑龙江的奴儿*征东元帅府。另外，元朝并没有统辖新疆大部分，这里属于四大汗国之一的察合台汗国。
元朝和四大汗国
明朝建立后，继承了元朝的行省制度，同时也进行了一些改造。明朝将行省拆分为了布政使司（省）、都指挥使司（都司）、按察使司分别长官地方的行政、军事和监察、刑法。最终到了永乐年间，形成了2个直辖区（两京）和十四个省，后来交趾省脱离，剩下十三省。最开始，布政使是地方最高的行政长官，到了后来，中央派遣到地方进行了监察的巡抚逐渐成为了地方长官。省之下设置府（州）、县，为三级机构。
辽东都司
在东北，明朝又辽东都司和永乐期间的奴儿干都司，但是在大多数情况，黑龙江流域被女真族控制。另外明朝还册封过乌思藏都司、朵干都司和“西番诸卫”来羁縻青藏高原，但是基本也是有名无史，但是青藏高原形成了帕竹、藏巴汗、古格、拉达克、和硕特等王国，明朝基本不清楚。另外，明朝周边还有东察合台、蒙古（瓦剌、鞑靼）等政权。
明朝时期全图
清朝时期，统一整个东亚大陆，于是继承了明朝的行省制度，在内地设置了18个省，最高长官从巡抚发展为了总督。另外，清朝在全国设立14个将军府以控制地方，其中东北有黑龙江、吉林、奉天三大将军府，在蒙古有乌里雅苏台将军府和绥远将军府，在新疆设立伊犁将军府。在青藏地区，清朝设立办事大臣辖区，青海有西宁办事大臣，西藏有驻藏大臣。另外，台湾也首次建立行政机构——台湾府，归属于福建省管辖。在清朝晚期，又设置新疆省、台湾省和东北三省。清朝的行政区划和今天的区划基本一致，这是清朝为中国版图做出的巨大贡献。
