将近9年的海外工作经历后，2001年4月吴尽昭教授回国，回国没有选择家乡吉林，也没有去熟悉的北京，兰州，而是来到了四川成都。先后在中科院成都计算机应用研究所，电子科技大学担任研究院，教授，博士生导师。来到成都6年后，吴尽昭教授再次北上去了熟悉的北京，不过这次不是熟悉的中科院系统科学研究所，北京大学，而是双一流高校北京交通大学，在北京交通大学担任教授两年有余。
直到离开北京交通大学，吴尽昭教授与广西并无多大的交集。不过离开北京交通大学之后就不一样。离开北京交通大学的吴尽昭教授，人生发生了变化，第一次担任高校校领导，开启了高校管理者的身份。先是在广西区内知名高校广西民族大学担任了8年的副校长，接着在广西唯一的211双一流高校广西大学担任了近5年的副校长。在13年的高校副校长经历后，此次被任命为桂林航天工业学院院长（校长）。
吴尽昭教授长期致力于高效能高可信计算与推理理论与工具的研究和开发，研究领域涉及符号计算、自动推理、逻辑程序设计及推理数据库、复杂并发系统形式化分析与验证及其交叉、融合与应用、机器学习、智能优化控制等。吴尽昭教授承担国家自然科学基金、863等科研项目30余项，吴尽昭教授是德国马普基金获得者，中科院百人计划(国外引进杰出人才)入选者，国家首批新世纪百千万人才工程国家级人选。
桂林航天工业学院是一所行业特色鲜明的大学，曾隶属于国家第七机械工业部、航天工业部、航空航天工业部、中国航天工业总公司。1999年4月，学校划转到广西。桂林航天工业学院现开设33个本科专业，全日制在校生16647人，其中本科生15147人。
