农家肥在农业生产上是使用时间最长的肥料，至今已经有数千年的历史，古时的农民发现将人粪、家禽粪、厩肥等肥料施用于农作物，能使得农作物长势旺盛，产量也能大幅提高，从此农家肥便被广泛应用于农业生产上。
经数千年的发展，农家肥的使用经验越来越成熟，衍生出了无数的农家肥种类，如：草木灰、豆饼肥、动物尸体、剩菜残渣、塘泥、河泥等等。
现时许多农村地区的家庭已经没再养猪，连耕牛也少了，因村容村貌的改变，每家都有了自己的化粪池，而目前各地农村也禁止焚烧秸秆草，这就使得收集农家肥越来越难，农家肥面临的局面也越来越尴尬。
由于农家肥收集困难，农业生产上的肥料逐渐成了化肥一枝独秀的局面，农家肥使用得越来越少，甚至不用。在不使用农家肥的土地，又会发生因耕地长期施用化肥的原因，而出现土壤污染状况，土壤中的有机质减少，令到土壤PH值被改变，出现碱化土壤、酸化土壤、土壤板结、地力下降等等的农业生产问题，造成农作物生长障碍，抗逆性降低。进而造成了化肥越用越多，而农作物却越来越不好种植这种尴尬局面。
众所周知，化肥的发展才数十年，而在古时，农民在农业生产上都是使用的自制农家肥作为肥料给农作物施肥。
在古时，农民施用农家肥，土壤几乎不会发生土壤PH值被改变问题，更加不会发生土壤板结、地力下降等问题。为什么没有化肥的古时，土壤没那么多问题呢？关键原因在于农家肥的有机质多、养分全面、肥效持续时间长，而古时农业生产所施用的肥料只有农家肥。
农家肥所含的有机质在土壤中腐烂后，能滋生出大量的有益生菌降解土壤表面沉淀的盐分，避免了土壤盐碱化、盐渍化问题。
农家肥所含的有机质在土壤中腐烂后非常适宜生蚯蚓生长，蚯蚓是土壤中的有益生物，有疏松土壤作用，能起到减缓土壤板结问题。
农家肥的养分全面，能全面补充土壤长期单一种植造成的养分缺失问题；而农家肥的肥力时间又长，并且是均匀释放肥效，不会造成肥力浪费，这就保证了土壤能长期地力肥沃。
农家肥数千年的使用经验证明，未处理过的农家肥直接对农作物施用危害太大，而事实也证明了施用农家肥，就是需要发酵沤制处理。
未腐熟的农家肥会在土壤中发酵，发酵就会产生热量，发酵点离农作物植株近的，就会烧坏农作物，这也是为什么有些农民朋友所种植的农作物常发生烧苗烧根的状况。
而未腐熟的农家肥带有大量的地下害虫，直接施用会造成地下虫害严重，引起农作物的根系被地下害虫蛀吃，造成植株死亡，特别是地下结实的农作物，如：花生、红薯、马铃薯、淮山、芋头这些使用未腐熟的农家肥，会发生严重的地下虫害，造成大面积减产。
