鸡粪肥属性上属于极酸性肥料，它的PH值在4.3左右，会严重酸化土壤，会造成植株的茎基部、根部表面组织损伤，而生鸡粪肥中又含有大量的土传性病菌细菌，这些病菌会初步通过这些损伤组织入侵植株体内潜伏，当温度跟湿度适宜时，就会引爆这些病菌，从而发生大面积的农作物病害。
另外施用生鸡粪肥，农作物植株容易发生黄枯萎蔫，无花无果这些问题，严重的会造成植株死亡。而根腐病、病毒病，青枯病、疫病，茎基腐病等这些农业生产上最怕遇见的病害，大部分是因为使用了未发发酵腐熟透的鸡粪肥发生的。
生鸡粪肥中含有大量的是根结线虫及根结线虫卵，而生鸡粪肥中的根结线虫卵非常容易被孵化出来，施用生鸡粪肥的地块发生根结线虫害的几率会比施用人尿粪农家肥的土地高出5倍以上。
根结线虫是农业生产上很难有效灭*的重大虫害，根结线虫对化学药剂非常敏感，遇化学药剂后会迅速潜伏到土壤底层0.5米以下的深处躲避药效，对农作物的危害非常大，会蛀吃地下果实、甚至根系，会造成果实虫眼多，果实空壳等问题，发生严重根结线虫虫害的田块甚至会发生绝收状况。
现在的家禽养殖多数是使用饲料喂养，而这些饲料中含有大量抗生素，鸡吃了这些饲料后，饲料中的抗生素大部分不能被吸收消化掉，所产生出来的粪便中所含的抗生素普遍较高。
土壤中对农作物有影响的抗生素，主要是四环素、喹诺酮、磺胺这三类。
拿四环素来说，四环素会抑制农作物根系的活力，抑制叶类蔬菜的叶绿素合成，随着土壤中四环素浓度增大，植株的根系生长被抑制明显，根系无法吸收到养分，会致使叶片中叶绿素缺失造成叶片逐渐黄化。
现在的家禽养殖中，所使用饲料中多数都含有铁、锌、铜、铝、铅等等的重金属元素，而家禽对于这些重金属元素吸收消化率也不高，这就造成了生鸡粪肥中含有大量的重金属元素，田块施用生鸡粪肥越多，重金属的含量就会越高。
而田间的重金属含量过高就会明显抑制农作物生长，造成农作物生长障碍。番茄种植生产中，每千克的土壤中的铜、锌、铅含量达到50毫克时，就会抑制番茄根系的伸长，每千克的土壤中的铜、锌、铅含量达到400毫克时，番茄根系停止伸长。每千克的土壤中的铅浓度达到2000毫克时，番茄根系会死亡。
铅污染是非常严重的农业生产问题，因为铅很容易取代镁、锌这两种元素，抑制了农作物多种的酶分子活跃度，从而造成植株叶绿素合成不正常，当叶片发生叶绿素缺失时，农作物长不高，叶片开始黄化。
