为了对抗与防御巨人，人类组织起三种兵团，包括保护皇室的宪兵团、负责墙内人民安全的驻紮兵团，以及探索墙外世界的调查兵团。人们在墙内度过一段平安无事的岁月，直到有一天，一个超大型巨人与一个盔甲巨人的出现，打破了一切平衡。
【墙内篇】托洛斯特防卫战：人们想起被巨人支配的恐惧、艾连一行人加入兵团
男孩艾连・叶卡，与他的青梅竹马米卡莎・阿卡曼、阿尔敏・亚鲁雷特都住在玛利亚之墙内，有一天，突然出现了「超大型巨人」和「盔甲巨人」，城墙被毁坏后，无数巨人入侵，艾连虽和米卡莎一起被救出，却亲眼目睹母亲卡露拉被巨人吃掉的瞬间，立誓*光世上所有巨人。他们与阿尔敏，随着其他难民一同撤退到第二面墙的罗塞之墙内，艾莲也下定决心加入兵团。
五年后，艾连、米卡莎、阿尔敏等训练兵团第104期生顺利毕业，前往托洛斯特区训练时，超大型巨人再度出现，训练兵加入抵抗行列，但艾连为救阿尔敏被巨人吞噬。正在众人陷入绝境时，一个反过来攻击其它巨人的神秘黑发巨人化解了危机，随后，众人在倒下的黑发巨人后颈，发现失去意识的艾连。艾连无法提出自己为何会变成巨人的合理解释，所幸有驻紮兵团的皮克西斯司令保证，化身成巨人的艾连最后成功利用巨石堵住被毁坏的城墙，危机告一段落。在调查兵团团长艾尔文力保下，艾连被编入有「人类最强士兵」之称的兵长里维・阿卡曼特别作战小组麾下。
【墙内篇】第57次壁外调查：揪出间谍、女巨人出现
除了加入里维兵长的小组，艾连未知的巨人能力也引起热爱研究的分队长汉吉的好奇心，但兵团内管理的两只巨人实验体却突然被*害，间接推敲出有间谍藏匿在兵团中，超大型巨人、盔甲巨人也可能和艾连一样都是有自我意识的智慧巨人。于是，调查兵团发动第57次壁外调查，以夺回玛利亚之墙为名，私底下是要揪出卧底。
结果一名「女巨人」出现，令调查兵团伤亡惨重，经过阿尔敏的观察与推敲，认为女巨人的真面目，可能是同为训练兵团104期的同期生、毕业后加入宪兵团的亚妮。虽然艾连以巨人之力打败女巨人，但在关键时刻亚妮自行「硬质化」，令兵团无法从她身上打听出更多秘密。但另一个惊人的事实却意外浮现，有一面城墙的裂口里，发现了有深埋在其中的硬质化巨人。
【墙内篇】厄特加尔城墙战：会说话的野兽巨人出现、104期生包围战
墙里为何有巨人？以信奉城墙救赎着人民的「城墙教」神职人员尼克神父虽知道内情，却不肯说明，但亲眼目睹死伤惨重的前线后，便透露了教派长期监控着一名「关键人物」，便是与艾连们同样为104期成员的克里斯塔。
于此同时，罗塞之墙内，突然出现一名会说话、对调查兵团展示出无比兴趣的「野兽巨人」，以及大量的无垢巨人。被派去寻找城墙破洞的其他兵团成员，在荒废的厄特加尔城遗迹过夜之时被这群巨人包围，104期成员的尤米尔为了保护克里斯塔，也突然变身成巨人，挺身与巨人群厮*，后来调查兵团的援兵赶到，即时救下了幸存队员与身受重伤陷入昏迷的尤米尔。
【墙内篇】艾连夺还战：莱纳、贝尔托特自爆是巨人，兵团试图夺回被掳走的艾连
