一行人正准备撤退时，同为104期的成员莱纳突然向艾连自爆，表明他就是入侵城墙的盔甲巨人，另一名成员贝尔托特则是超大型巨人，要求艾连与他们一起回到「故乡」。虽然部分成员之前已得知，变身成女巨人的亚妮和莱纳、贝尔托特出身同一地方，因此有所怀疑，但仍防不胜防，艾连、莱纳、贝尔托特纷纷变身巨人，展开激战。但艾连不敌夹攻，最后与尤米尔一起被劫走。
兵团联合一组部队，要将艾连夺回来，结果被大量巨人包围，当年吃掉艾连母亲的巨人，也出现在艾连面前，无法顺利变身成巨人的艾连在与米卡莎一同面对生死关头之际，鼓起勇气将拳头挥向该巨人，当接触的瞬间，意外解锁了可以控制其它巨人的「座标」能力，艾连命令巨人们反过来压制莱纳与贝尔托特，让部队得以撤退。尤米尔则选择留下来帮助莱纳两人，与克里斯塔分离。
【墙内篇】王政篇：王家政府权力斗争、希丝特莉亚继任女王
原来克里斯塔其实本名为希丝特莉亚・雷斯，是墙内最高统治者罗德・雷斯的女儿，具有王家血统，现任国王只是当权者扶植的傀儡。罗德・雷斯要求希丝特莉亚施打会变成巨人的脊髓液，再吃掉艾连，继承巨人之力。希丝特莉亚不愿受到摆布，拒绝了父亲，於是罗德自己舔食了脊髓液，变身成超大型奇行种巨人，在欲攻击城墙时，被兵团与希丝特莉亚手刃，傀儡政权被推翻，希丝特莉亚继任女王。
在此厘清了许多谜团。王族在一百年前使用座标能力，用巨人建造了三座城墙，解释了墙里为何藏有巨人。艾连之所以有巨人之力，是因为他的父亲古利夏原本便继承了进击巨人，后来又吞噬了雷斯家族的继承者，获得始祖巨人的力量，玛利亚之墙被打破后，为了保护艾连，便让艾连吃掉自己，继承巨人后会丧失部分记忆，因此艾连不记得这件事，却也因此让艾连继承了座标能力，才可不自觉地操纵无垢巨人。
【墙内篇】玛利亚之墙夺还战：阿尔敏继承超大型巨人、发掘墙外秘密
艾连学会如何掌握硬质化能力后，兵团便前往失守玛利亚之墙，希望用硬质化的巨人残骸补上漏洞、夺回地盘，但被超大型巨人、盔甲巨人、野兽巨人与众多无垢巨人夹击，在艾尔文、阿尔敏各自的自*式攻击下，艾连打败了超大型巨人，野兽巨人、盔甲巨人身受重伤，撤退战场。调查兵团几乎灭团，艾尔文、阿尔敏都陷入濒死状态，最后里维选择让艾尔文安息，汉吉接任为新一代团长，阿尔敏被注射了可变成巨人的脊髓液，吃掉了贝尔托特，继承超大型巨人。
艾连、里维一行人回到艾连旧家的地下室，找到古利夏留下手记与照片，得知了古利夏来自墙外世界，墙外的人类不但活着，还拥有高科技、高文明，而在墙外生存的艾尔迪亚人长期受到玛雷人的压迫，玛雷政府为了夺取艾连所处的「帕拉迪岛」上石油等珍贵资源，长期将处刑为无垢巨人的艾尔迪亚人投放到岛上。之后，重振旗鼓的调查兵团进行了睽违6年的墙外调查，首度抵达了海边。
【墙外篇】玛雷篇：海的另一端视角、莱纳再见艾连、帕拉迪岛突袭玛雷
视角转到「海的另一端」的玛雷国。玛雷长期滥用巨人之力四处征战，使得国力衰退，与他国交恶，侵略帕拉迪岛时又陆续失去女巨人与超大型巨人，中东联合军顺势对玛雷展开反击。堑壕对峙战中，艾尔迪亚战士候补生小队也被派上前线，忠诚於玛雷、成绩最好的少女贾碧用手榴弹奇袭战车，有颚之巨人、车力巨人的即时支援，再加上盔甲巨人、野兽巨人的空战奇袭，玛雷总算获胜。但四年的长期战争，别国又发明出火力强大的「对巨人炮」，都显示玛雷现在即使拥有巨人，也失去了长久优势。
莱纳虽回到故乡并晋升为副战士长，始终对岛上发生的事怀抱罪恶感，一度想饮弹自尽，但想起必须保护表妹贾碧与法尔可这些年轻战士候补生，只好作罢。於此同时，法尔可与伤兵收容所中的玛雷伤兵库尔迦交好，经常与他聊天、帮他传信。
