代代继承战鎚巨人的戴巴家族，造访了艾尔迪亚人收容区的雷贝里欧，在典礼中，当家的威利・戴巴公布了过去被蒙蔽的历史真相。过去，玛雷一直以为是英雄荷洛斯联合戴巴家族，击败了艾尔迪亚帝国，其实是因为王不愿再互相残*，便带领部分子民移居帕拉迪岛，以「不战誓约」约束王家，不再滥用巨人之力才停战。然而王家继承的始祖之力被外人夺去，打破「平衡」，因此威利誓言抢回巨人之力。
同时，法尔可领着莱纳到地下室见「昔日战友」库尔迦，莱纳认出库尔迦其实就是艾连，艾连变身成巨人从地底窜出，加上潜伏的调查兵团、变身超大型巨人的阿尔敏，与玛雷军队激烈交战，最后艾连成功吞噬战鎚巨人。眼见家园被摧毁、战友被*害，愤怒的贾碧潜入调查兵团飞船中，担心贾碧的法尔可也一起同行，结果104期成员之一的莎夏被贾碧射*身亡，而贾碧、法尔可也惊觉吉克早与调查兵团有所联系。
【墙外篇】帕拉迪岛分裂篇：叶卡派政变、吉克坚持执行安乐死计画
故事回到突袭战之前。在不满玛雷长期压迫的「义勇兵」协助下，帕拉迪岛陆续更新了新知识、新武器，透过吉克牵线，他们和东洋的希兹尔国接触，发现米卡莎其实是该国将军族人的后代。帕拉迪岛与世隔绝了100多年，军备远落后世界水准，唯有透过始祖巨人与王家血统启动的「地鸣」，也就是操控数千只大型巨人的力量，才能有效保护国家，因此最理想的方式是由身为女王的希丝特莉亚继承野兽巨人，在继承巨人后有限的13年寿命间尽量繁衍后代，但艾连坚决否定这项提案。
透过义勇兵成员耶莲娜的游说，艾连与吉克合作，自行潜入雷贝里欧收容区，夺取战鎚。事后艾连因私自行动被军团监禁，高层欲安排其他人选继承始祖之力，取代艾连。部分兵团成员包括在玛利亚之墙夺还战中幸存的弗洛克，不满艾连遭到监禁，分裂出拥护艾连、手段强硬的「叶卡派」，最后叶卡派炸死萨克雷总统，解放艾连，掌握实权并试图与被里维看守在森林中的吉克接触。主张和平手段的汉吉、阿尔敏等人则被俘虏，但知道艾连计划后，决心阻止他。
吉克为了达成让艾尔迪亚人不再拥有生殖能力的「安乐死计画」，暗中布局让政要高层与里维周围看守自己的调查兵喝下加入脊髓液的红酒，当他欲脱离里维监视时，便透过吼叫之力，使森林里的调查兵都变身成无垢巨人，里维狠下心来砍*昔日部下，追上吉克后，把雷枪插在吉克的身上，防止他逃跑。吉克坚持完成计画，引爆雷枪，里维受到波及重伤，后来被弗洛克狭持的汉吉经过，趁机救走里维，脱离叶卡派掌握。
在雷贝里欧收容区一战重创的玛雷，重振旗鼓使用飞艇突袭帕拉迪岛，决心阻止艾连与吉克接触，吉克再度使用吼叫之力，让艾尔迪亚的政要高层变身无垢巨人，全城陷入混乱。贾碧用反巨人步枪击中艾连的脖子，但头颅在千钧一发之际被吉克接住，两人仍成功接触了。
【墙外篇】地鸣篇：地鸣发动、灭世计画启动、与艾连战斗的最终大结局
吉克与艾连来到艾尔迪亚人「道路」交会的座标，见到始祖尤米尔。没有被不战契约束缚的艾连向吉克坦白，自己不支持安乐死计划，并说服始祖尤米尔不必听从他人的指令，由自己来做决定，最后艾连唤醒始祖尤米尔，发动了地鸣，三道城墙里硬质化超大型巨人们全数出动，而艾连断掉的颈部也长出一条状似怪诞虫的生物，从脊椎连接至头部并变身，展开驱逐世界所有生命的灭世计划。
汉吉与重伤的里维后来与玛雷战士、阿尔敏、米卡莎、苏醒的亚妮等人会合，因为都以阻止艾连为目标，结成暂时联盟，在港口与叶卡派激战，为了夺取载有飞艇的轮船，他们也不得不手刃昔日同袍。成功夺船后，为了争取时间，汉吉自愿断后，将团长一职交给阿尔敏后壮烈牺牲，为了阻止地鸣，众人决定*死艾连。
