包括省级行政区在内的任何行政区，都有完整的四套班子，也就是党委、政府、人大和政协，新疆自治区有这四套班子，而新疆生产建设兵团则没有，这是二者的一个巨大差别，也是根本差别。为了协调工作，新疆生产建设兵团政委（也是兵团党委*），由新疆自治区的党委副*兼任。新疆生产建设兵团司令员由新疆自治区的副主席兼任。
有些自媒体还说新疆生产建设兵团下辖的县级市，遍地都是军人，这也是够荒谬的。如前所述，新疆兵团的县级市，本质上内地的县级市没有任何区别。这里只有居民，没有军人。新疆兵团的社会管理制度，和内地基本上是一样的。
除了生产建设和发展经济之外，新疆兵团还承担着守卫边境的任务，于是有人把兵团视为我国的边防部队了，显然是大错特错了。解放军的边防部队能进行生产建设，能发展地方经济吗？显然是不能的。逻辑上就不通。
其实看名称就能看得出来，新疆生产建设兵团平时最重要的任务，就是发展经济，这样一个单位怎么可能是军事单位呢？哪个军事单位以发展经济作为本单位的核心任务？
新疆兵团也称作“中国新建集团公司”，是集农业、工业、交通、建筑、商业于一体，承担经济建设任务的大型央企。新疆生产建设兵团拥有7.06 万平方千米的广阔面积，约占全国农垦总面积的两成。在发展经济方面，不管是传统的农业、工业还是新兴的第三产业，新疆兵团都做出了显著的成绩，就连科研领域和教育事业都完成了两头开花的壮举，这不得不归功于一代又一代的兵团人勇往直前的奋斗精神与不畏艰险的拼搏斗志。
新疆兵团是副省级行政单位，建制级别和内地的副省级城市相当，但是具有很强的独立性，副省级城市级别虽然高，但仍然要归所在省份领导管辖，而新疆生产建设兵团则基本不归自治区领导管辖。自治区顶多是在宏观层面指导新疆兵团，新疆生产建设兵团拥有省级社会管理权限，可以自行制定适用于自身的政策法规，不一定要按自治区的制度来。
所以，新疆生产建设兵团并不是新疆自治区的下属单位，作为一个中央直接管辖的副省级行政单位，和新疆自治区是完全并立的，只不过行政级别要比新疆自治区低了半级。不过另一方面，新疆生产建设兵团的司令员和政委，都高配为正部级。虽然新疆兵团和副省级城市都是副省级，但是副省级城市的市长和市委*却不会高配为正部级，这就是新疆生产建设兵团的特殊之处。
由此可见，新疆兵团虽然位于新疆自治区境内，但并不归自治区管辖，由此是一个和省、自治区、直辖市并立的省级单位。
