上篇说到如果黑臭水体治理方案要做到“标本兼治，长治久清”，才能完成《深入打好城市黑臭水体治理攻坚战实施方案》规定的目标，目前看，我国黑臭水体治理还要克服很多技术难点。
黑臭水体为什么难治理呢？首先我们明确一下黑臭水体的定义：“黑臭水体是指因过量纳污、超出其水环境容量而导致变黑、发臭，通常低于地表水环境质量标准V类水质标准，溶解氧小于2.0 mg/L。多位于人口密集、污染负荷强度大，基础设施不完善的区域，主要包括城市建成区、城乡结合部、县城及中心镇等区域内水体。”
黑臭水体的污染源主要是外源污染和内源污染。外源主要有工业废水、城市生活污水、农业灌溉等，这类外源污染含污染物多，成分复杂，其中含有大量的重金属及有机污染物。
有机物分解耗费大量氧气，水体氧气不足，含金属类如铁、硫及锰的物质在厌氧状态下出现还原现象，生成出呈黑色的硫化铁、硫化锰等，水体变黑。
有机物分解过程中同样耗费氧，水体在厌氧状态下厌氧微生物得以大量繁殖，有机物在这类厌氧微生物的作用下分解，一系列的生化反应出现了大量能产生臭味的物质，如氨类、硫醇、硫化氢，还有我们我们熟知的甲烷，使得水体变臭。
此外，水体温度高、水动力不足、蓝绿藻繁殖等因素也是黑臭水体形成的因素，治理方案应根据水体污染情况针对性制定，除了切断污染源，要尽快促进水体复氧，治理的同时帮助水体恢复自净能力。
