5个中亚国家中，矛盾最深的是乌兹别克斯坦、塔吉克斯坦、吉尔吉斯斯坦，他们的边界犬牙交错，而且还有飞地在其他国家境内。塔吉克斯坦有两块飞地在吉尔吉斯坦境内，塔吉克斯和吉尔吉斯坦也有飞地在乌兹别克斯坦境内等。同时，塔吉克斯坦和吉尔吉斯坦的人口，大部分集中在地势平坦、水资源丰富、水草丰美的费尔干纳盆地，两个的百姓经常因为争夺放牧的场所发生冲突。水资源的争夺，也是塔吉克斯坦和吉尔吉斯坦关系恶化的原因之一，吉尔吉斯坦在自己境内修建了一座水库，塔国却认为吉国拦截的水太多，影响了下游自己的灌溉。
塔吉克斯坦和吉尔吉斯坦，因为利益冲突不断，但有俄罗斯从中调停，并没有演变成大规模的战争。
